Prilikom konzerviranja čilija ključno je slijediti utvrđene opće sigurnosne postupke i smjernice za konzerviranu hranu, a također se pridržavati mjera opreza koje se posebno odnose na konzerviranu hranu s povrćem. Korištenje odgovarajuće opreme za konzerviranje i osiguravanje da je čili kuhan na odgovarajućoj temperaturi, u odgovarajućem vremenu, ključno je za sigurno konzerviranje čilija. Ako se povrće u konzerviranom čiliju pravilno rukuje i konzervira nakon berbe, ne samo da će trajati dulje, već će biti i bez štetnih bakterija.
Svake se godine prijavi oko 25 slučajeva botulizma, uglavnom od hrane konzervirane kod kuće. Botulizam je ozbiljna paralitička bolest uzrokovana bakterijskim toksinima koja, ako se ne liječi, može biti smrtonosna. Spore botulina rastu samo u nedostatku zraka, ali se mogu brzo razmnožavati u nepropisno konzerviranoj hrani. Kućne konzerve trebale bi koristiti samo parne konzerve za konzerviranje čilija i trebale bi slijediti preporučeno vrijeme procesa.
Čili sadrži povrće koje ima malo kiselina. Povrće s niskim sadržajem kiseline treba prerađivati u konzervi pod pritiskom na paru. Druge metode konzerviranja neće dopustiti da proizvod dosegne 240 stupnjeva Fahrenheita (116 stupnjeva Celzija), temperaturu potrebnu za uklanjanje spora botulina. Tipično, standardnu seriju čilija iz konzerve treba kuhati 75 minuta u posudi pod pritiskom na paru.
Prilikom konzerviranja čilija preporučuje se svježe, nježno i mlado povrće. Tlačni spremnik bi trebao biti podešen na većim nadmorskim visinama kako bi se postigla temperatura od 240° Fahrenheita (116° Celzijusa). Tlačni spremnik treba odzračiti 10 minuta prije tlačenja. Prije konzumiranja čilija iz konzerve potrebno ga je kuhati najmanje 10 minuta.
Prilikom konzerviranja čilija potrebno je pridržavati se drugih općih sigurnosnih postupaka za konzerviranje. Treba koristiti samo staklenke koje su posebno dizajnirane za konzerviranje. Staklenke je potrebno oprati u vrućoj vodi, dobro isprati i potpuno osušiti prije upotrebe. Mnogi ljudi radije steriliziraju staklenke kao dodatnu mjeru sigurnosti namočenjem u kipuću vodu.
Ljuti čili treba pažljivo sipati u staklenke, ostavljajući oko centimetar razmaka između vrha staklenke i čilija. Prostor za glavu je neophodan za dobivanje sigurnog pečata. Drvenu ili plastičnu lopaticu treba koristiti za uklanjanje zarobljenog zraka polaganim okretanjem staklenke uz pomicanje lopatice gore-dolje duž stranica staklenke. Nakon što je staklenka očišćena i poklopac postavljen na vrh, traku treba čvrsto zašrafiti.
Dan nakon konzerviranja čilija treba provjeriti brtve. Središte poklopca se ne smije pomicati kada se pritisne. Nakon što se potvrdi čvrsto brtvljenje, trake se mogu ukloniti. Staklenke trebaju biti označene datumom konzerviranja. Konzerviranu hranu treba čuvati na hladnom i tamnom mjestu.