Postoji mnogo različitih vrsta muffina bez jaja, obično pečenih za one koji su alergični na jaja, svjesni svoje težine ili za one koji su vegani. Neki izbori su oni s voćem i povrćem, poput muffina od banane, mrkve, bundeve i bobičastog voća, jer voće i povrće uključeno u recept ima vlastite sokove koji muffine čine mekim čak i bez jaja. Čokoladni muffini bez jaja su još jedan izbor, a za one koji jedu deserte koji više brinu o zdravlju, mogući su muffini od cjelovitih žitarica, zobenih mekinja i kukuruza.
Muffini od banane su vrsta muffina bez jaja koji se lako mogu napraviti bez jaja ili zamjena za jaja. Konzistencija muffina je obično i dalje mekana, iako je spužvastija u usporedbi s težom teksturom muffina s bananama koji sadrže jaja. Za mekšu konzistenciju za recept se mogu koristiti prezrele banane i muscovado šećer. Verzija muffina od mrkve bez jaja također lako može bez jaja u receptu, iako neki inventivni pekari koriste nekoliko prezrelih banana kao zamjenu za jaja. Korištenje smeđeg šećera u receptu također će pomoći u proizvodnji vlažnih serija muffina od mrkve.
Neki muffini bez jaja, s druge strane, trebaju zamjenu za jaja u receptu, kao što su muffini od bundeve. Neki recepti koriste svileni tofu, najmekšu vrstu tofua, dok drugi recepti predlažu korištenje jogurta, bilo od mlijeka ili soje. Nekoliko recepata također uključuje proizvode zvane zamjene za jaja koji su komercijalno dostupni u supermarketima i trgovinama zdrave hrane. Muffini od bobičastog voća poput muffina od borovnica, brusnica i jagoda također mogu koristiti gore spomenute zamjene za jaja, ali neki recepti jednostavno koriste jabučni ocat kao zamjenu za jaja. To, međutim, rezultira muffinom svjetlije teksture, koja se može uravnotežiti dodavanjem malo praha sjemenki lana kako bi se stvorila teža konzistencija i dodalo više vlakana.
Čokoladni muffini dobro djeluju za vegane i one alergične na jaja koji još uvijek žele ugoditi svojim sladokuscima. Kako bi nadoknadili nedostatak jaja, pekari mogu upotrijebiti malo octa, tamno smeđi šećer i maslinovo ili repičino ulje jer su gušća od ostalih ulja za kuhanje. Mlaćenik se također može dodati za bogatije, vlažnije muffine. Muffini na bazi žitarica općenito imaju tešku konzistenciju zbog vlaknastih sastojaka, pa se jaja koriste kako bi tijesto bilo manje gusto. Jabučni ocat, umak od jabuka ili komercijalna zamjena za jaja mogu se koristiti kao zamjena za ove vrste muffina bez jaja.