Ponekad može biti potrebno da određene stanice u tijelu prođu programirano samouništenje, u procesu koji se naziva apoptoza. Stanice mogu poduzeti apoptozu kao odgovor na infekciju ili oštećenje, ili jednostavno kao dio ukupnog tijeka rasta tkiva. Ova programirana smrt aktivira se putem signalne transdukcije, koju pokreće poseban protein nazvan Fas ligand. Drugi protein, nazvan Fas receptor, postoji na površini mnogih stanica i mjesto je gdje se ovaj ligand može spojiti i inducirati odgovor na samouništenje. Promjene ovog puta, koje uključuju odnos između receptora i liganda, mogu biti uključene u neka bolesna stanja.
Vezanje Fas receptora omogućuje aktivaciju programiranih aktivnosti stanične smrti. Fas ligandi sadrže tri područja koja se sva moraju pričvrstiti na odgovarajuća područja na površini stanice kako bi se ovaj proces pokrenuo. Nakon što se to dogodi, Fas receptor prenosi signale u unutrašnjost zahvaćene stanice, a druge proteinske regije koje se nazivaju domene smrti spajaju se s ligandom i receptorom kako bi tvorile kompleks. Ovaj kompleks zatim aktivira i oslobađa spojeve zvane kaspaze, ubijajući stanicu.
Pravilno funkcioniranje imunološkog sustava oslanja se, barem djelomično, na prisutnost Fas receptora na stanicama. Inficirane stanice i određene imunološke stanice, nazvane limfociti, koje tijelu više nisu potrebne, mogu se kontrolirano uništiti procesom apoptoze. Nakon toga, tijelo može ponovno upotrijebiti njihove sastavne molekule ili ih po potrebi zbrinuti. Nakon što ih imunološki sustav prepozna, bijele krvne stanice nazvane T-stanice koriste Fas ligand za promjenu Fas receptora na stanicama ciljanim za smrt u aktivni oblik, s tri regije koje ligand može prepoznati. Tada dolazi do vezivanja, tako da se te nepotrebne ili potencijalno štetne stanice mogu eliminirati na način koji općenito ne oštećuje obližnje stanice.
Određena bolesna stanja mogu uključivati poremećaj normalnog odnosa između Fas receptora i njegovog liganda. Tumorske stanice mogu generirati abnormalno velike količine proteina liganda, koji zatim može oštetiti obližnje stanice, proizvodeći više hranjivih tvari za tumor, kao i sprječavajući imunološki sustav da mu ošteti. Sindrom autoimunog nedostatka (AIDS) može uzrokovati svoje učinke ubijanja bijelih krvnih stanica kroz nepravilnu aktivaciju Fas receptora na tim stanicama. Tijekom progresije AIDS-a, čini se da se put apoptoze lakše pokreće, što može biti posljedica osjetljivosti na ovu aktivaciju.