Čokoladni kolačići od cjelovitog zrna obično se rade od integralnog pšeničnog brašna umjesto rafiniranog bijelog ili višenamjenskog brašna. Neki recepti za čokoladne kolačiće od cjelovitog zrna mogu sadržavati i druge žitarice, poput zobi. Kolačići također mogu imati manje šećera od standardnih kolačića s komadićima čokolade. Kao i kod običnih kolačića s komadićima čokolade, kolačići od cjelovitog zrna također sadrže maslac i mogu sadržavati jaja.
Kuhar može odabrati korištenje običnog integralnog pšeničnog brašna za izradu serije čokoladnih kolačića od cjelovitog zrna. Neki kuhari smatraju da bijelo integralno pšenično brašno, koje se pravi od različite vrste pšenice, daje keksima svjetliji okus i glatkiju teksturu od običnog cjelovitog pšeničnog brašna. Druga opcija je korištenje finijeg mljevenog brašna od cjelovitog pšeničnog tijesta. Obično integralno pšenično brašno ima jak okus koji bi nekima mogao biti neugodan.
Osim cjelovitog pšeničnog brašna, neke vrste čokoladnih kolačića od cjelovitog zrna sadrže i druge vrste žitarica. Kuhar će možda htjeti dodati valjanu zob ili zob koji je samljeven u procesoru hrane u kolačiće umjesto dijela cijelog pšeničnog brašna. Zob daju kolačićima orašasti okus i dodaju malo teksture.
Mnogi recepti za čokoladne kolačiće od cjelovitog zrna nastoje biti zdraviji od recepata za obične kolačiće. Recept može zahtijevati manje šećera nego inače, iako to nije uvijek slučaj. Tipično, recepti za kolačiće s komadićima čokolade zahtijevaju i smeđi i bijeli granulirani šećer.
Ostali sastojci u kolačićima s komadićima čokolade od cjelovitog zrna također se nalaze u običnim kolačićima s komadićima čokolade. Maslac igra važnu ulogu u aromatiziranju kolačića i njihovom držanju zajedno. Neki recepti mogu zahtijevati ohlađeni maslac koji se izrezuje u tijesto, dok drugi zahtijevaju omekšali maslac koji je kremast od šećera.
Kolačići obično sadrže jaja, iako je u nekoliko recepata jaje u potpunosti izostavljeno. Neki recepti mogu zahtijevati zamjenu za jaja, kao što su škrob ili sjemenke lana. Drugi ne spominju zamjenu jajeta. U nekim slučajevima, recept može zahtijevati korištenje cijelog jajeta i žumanjka.
Veličina čokoladnih kolačića od cjelovitog zrna može varirati. Neki kolačići su mali, dok drugi koriste puno tijesta po mjerici. Kuhar koji ne želi podijeliti tijesto na pojedinačne kolačiće može odlučiti sve to raširiti u tavu ili posudu za pečenje i ispeći jedan veliki kolačić koji se može rezati poput kolačića.