Prilikom pripreme kolača za mikrovalnu pećnicu potrebno je koristiti posuđe za pećnicu posebno izrađeno za mikrovalnu pećnicu. Preporuča se korištenje okretnog tanjura za mikrovalnu pećnicu jer će to osigurati ravnomjerno kuhanje. Ako je smeđi šećer jedan od sastojaka, korisno je prvo ga omekšati tako da ga stavite u zdjelu za mikrovalnu pećnicu s malo vode i zagrijavate na jakoj temperaturi 60 sekundi. Maslac ili margarin također moraju biti omekšani prije dodavanja u recept za kolače u mikrovalnoj pećnici. To se može učiniti visokim zagrijavanjem 15 sekundi. Korištenje čokoladnih kvadrata za recept za tortu također će zahtijevati prvo omekšavanje, iako će to općenito trajati najmanje 90 sekundi i trebalo bi se raditi na srednjoj snazi.
Ako u mikrovalnoj pećnici nema okretnog tanjura, zdjelu za pečenje treba okretati rukom. To se može učiniti okretanjem posude na pola vremena kuhanja. Time ćete izbjeći vlažne mrlje ili neravnomjerno pečen kolač.
Još jedan savjet kada pečete kolač u mikrovalnoj pećnici je korištenje neke vrste masnoće ili spreja za kuhanje kako biste izbjegli da se smjesa za kolač zalijepi za zdjelu. Ako koristite kreme ili maslac, nanesite ga vrlo lagano i ravnomjerno na dno posude za pečenje, kao i na stranice. Međutim, sprej za kuhanje radi bolje jer je manja vjerojatnost stvaranja grudica.
Mnogi ljudi više vole peći kolač iz mikrovalne pećnice ispočetka jer im to daje kontrolu nad sastojcima koji se koriste. Međutim, korištenje pripremljene smjese za kolače iz kutije je sasvim prihvatljivo. Koja god metoda da se koristi, vjerojatno nije dobra ideja ispeći tortu od funte ili bilo koji kolač vrlo guste konzistencije u mikrovalnoj pećnici. Za laganu tortu, tijesto ne smije biti pretrpano puno sastojaka.
Postoji nedostatak korištenja jaja pri izradi kolača u mikrovalnoj pećnici. Iako se u većini recepata za kolače može tražiti jedno ili dva jaje, jaja mogu stvoriti gumenu teksturu kada se peku u mikrovalnoj pećnici. Taj se problem može eliminirati zamjenom jaja drugim sastojkom. Kao alternativa može se koristiti beze u prahu ili umak od jabuke. Ključno je eksperimentirati kako biste saznali koji sastojci najbolje djeluju.
Jedno važno pravilo koje treba zapamtiti kada pečete kolač u mikrovalnoj pećnici je da se ne osuši. To možete postići tako da tortu tijekom pečenja pokrijete plastičnom folijom. Također, nakon što se gotov kolač izvadi iz mikrovalne, treba ga odmah pokriti.