Niskokalorični muffini mogu se kupiti komercijalno ili pripremiti kod kuće. Različite vrste okusa uključuju mekinje, voće, povrće i čokoladu. Slane, a ne slatke niskokalorične vrste uključuju kukuruzno brašno i engleske muffine. Rezanje masti kao i šećera u receptima za muffine može stvoriti niskokalorične opcije. Nemasno mlijeko, ulje umjesto maslaca i bjelanjak, a ne cijela jaja, načini su za smanjenje masnoća, dok zamjena umaka od jabuke za dio šećera također može smanjiti broj kalorija.
Voće poput banana i bobičastog voća popularni su dodaci receptima za muffine koji su niskokalorični. Povrće kao što su tikvice ili slatki krumpir također se može koristiti kada se peče niskokalorično. Slađe vrste poput onih koje sadrže čokoladu također mogu biti prikladne ako se kontroliraju kalorije. Umjesto čokoladnih čipsa ili zaslađene čokolade za pečenje, u niskokaloričnim muffinima često se koriste varijante s malo šećera ili čak bez šećera. Također, korištenje umaka od jabuke ne samo da može zamijeniti dio šećera za smanjenje kalorija, već se smatra i da ističe okus čokolade.
Batat i tikvice koje se koriste u muffinima mogu dodati okus i vitamine bez puno kalorija. U ovim niskokaloričnim muffinima od povrća, cimet može zasladiti što može smanjiti potrebnu količinu šećera. Neki pekari vole dodati druge ukusne začine u muffine od tikvica ili batata, kao što su đumbir i muškatni oraščić. Budući da smeđi šećer ima bogatiji okus od bijelog, možda će biti potrebno manje zaslađivača.
Muffini s malo masnoće s borovnicama jedan su od najčešćih dostupnih vrsta. Mogu se napraviti od bijelog brašna koje može biti niskokalorično, ali ne nudi prehranu cjelovitih žitarica kao što su muffini od pšenice ili mekinja. Jagoda i malina druge su opcije niskokaloričnih muffina na bazi voća. Neki kuhari vole napraviti nadjev od ovog voća tako da u kalupe za muffine ulože malo tijesta od kukuruznog brašna, a zatim dodaju voće i dodaju još tijesta.
Niskokalorični muffini od kukuruznog brašna mogu biti i slani tako da ih napunite salsom, a ne voćem. Ove vrste niskokaloričnih muffina mogu se poslužiti uz jelo kao što je gulaš ili juha. Tipično, slani muffini od kukuruznog brašna ne zahtijevaju puno šećera, a umjesto maslaca može se koristiti ulje. Engleski muffini također obično nisu preslatki, ali se razlikuju od ostalih niskokaloričnih muffina po tome što se ne peku u pećnici, već se rade na tavi. Metalni kolutići se stavljaju na zagrijanu rešetku prije nego se doda tijesto za engleske muffine.