Iako je grčki jogurt svestran i može se koristiti kao zamjena za mnoge sastojke s većom masnoćom i više kalorija, pečenje s grčkim jogurtom zahtijeva određenu pažnju kako bi se postigli najbolji rezultati. Jedan od najvažnijih aspekata pečenja s grčkim jogurtom u receptima koji to izričito ne zahtijevaju je paziti na količinu tekućine koja se dodaje u tijesto ili tijesto, jer u grčkom jogurtu ima manje tekućine nego u necijeđenom jogurtu, mlijeku i mlaćenica. Još jedna stvar koju treba uzeti u obzir pri pečenju s grčkim jogurtom je kako će to utjecati na teksturu konačnog pečenog proizvoda, jer nedostatak sastojka s visokim udjelom masti, poput ulja ili jaja, može uzrokovati pretjeranu tortu, muffin ili kolačić. guste i potencijalno gumene. Iako grčki jogurt ima manju sklonost odvajanju kada je kuhan, količina topline koja se može upotrijebiti pri pečenju s grčkim jogurtom može ga natjerati da se odvoji osim ako se dodaju dodatni sastojci – poput bjelanjaka ili kukuruznog škroba – kako bi se spriječio učinak.
Grčki jogurt je napravljen na način sličan većini drugih vrsta jogurta, osim što se procijedi pred kraj obrade kako bi se stvorila gušća, manje vodenasta tekstura. To znači da se u receptima koji zahtijevaju sastojke kao što su kiselo vrhnje, krem sir, šlag ili čak određene vrste mekih sireva mogu koristiti grčki jogurt kao zamjena bez ikakvih promjena u korištenim količinama. U mnogim slučajevima, tradicionalniji rezultati pečenja mogu se postići ako se koristi punomasni grčki jogurt, iako neke modifikacije recepata mogu značiti da pečenje s nemasnim ili nemasnim grčkim jogurtom također može funkcionirati.
Kada se peče s grčkim jogurtom u receptu u kojem se jogurt koristi kao zamjena za tekućinu, tada se mora obratiti pozornost na udio grčkog jogurta koji se dodaje u odnosu na izvornu traženu količinu. Smanjena količina tekućine u grčkom jogurtu po volumenu u usporedbi s mlijekom, mlaćenikom ili vrhnjem može dovesti do toga da je gotov proizvod suh ili mrvljiv. Za kompenzaciju, u tijesto treba dodati još grčkog jogurta ili se, naizmjence, može dodati neka količina druge vrste mokrog sastojka — kao što je umak od jabuka.
Ako se grčki jogurt koristi kako bi se smanjila količina masnoće u receptu, tekstura konačnih pečenih proizvoda mogla bi biti drugačija od predviđene. Kolači, muffini i kolačići mogu postati vrlo gusti i žvakavi ako u tijestu ili tijestu nema dovoljno masnoće. Čak i ako će grčki jogurt zamijeniti većinu masnoće u receptu, treba zadržati određenu količinu izvorne masnoće – bilo da se radi o maslacu, ulju ili žumanjcima – kako bi se održala tekstura.
Pečenje s grčkim jogurtom može uzrokovati da se jogurt razbije i odvoji na skutu i sirutku. To je zato što toplina može uzrokovati da se proteini u jogurtu hvataju, skupljaju i odvajaju od tekuće sirutke. Jedan od načina da to izbjegnete je da pomiješate grčki jogurt s nečim, poput bjelanjaka ili kukuruznog škroba, kako biste stabilizirali proteine prije nego što se jogurt doda ostatku sastojaka.