U čaju doista ima fluora, a zeleni čaj u pravilu ima najveću količinu fluorida. Prisutnost fluorida u čaju uzrokovana je tendencijom biljaka čaja da se bioakumuliraju, što znači da one preuzimaju široku paletu materijala iz okoliša oko sebe i zatim te materijale pohranjuju. U područjima gdje postoji velika zagađenost fluorom, biljke čaja će akumulirati fluor, a kada se listovi ovih biljaka skuhaju, ispuštaju topljivi fluor. Kada se čaj kuha s fluoriranom vodom, očito se količina otopljenog fluora još više povećava.
Provedeno je nekoliko studija o fluoru u čaju, a većina studija zaključila je da je količina fluora u čaju u porastu, zbog povećanog industrijskog onečišćenja, koje kontaminira zrak, vodu i tlo. Što je biljka čaja starija, to ima tendenciju nakupljati više fluora, a mlađe, nježnije biljke čaja sadrže manje fluora jednostavno zato što su imale manje vremena da ga akumuliraju. U nekim slučajevima četiri šalice čaja mogu sadržavati trećinu preporučenog dnevnog unosa fluora prije nego što se uračunaju drugi izvori fluora, poput vode i proizvoda za njegu zuba.
Fluorid je kemikalija za koju se pokazalo da je korisna u sprječavanju karijesa. U 20. stoljeću brojne su zajednice počele fluorizirati svoju vodu i preporučivati terapijsku primjenu fluora za prevenciju karijesa, a u područjima s dosljednom fluoracijom zabilježen je i opći pad karijesa, posebno kod ljudi koji se brinu o svojim zubima. Fluorid se također stvara kao nusprodukt u mnogim industrijskim procesima, što objašnjava kako ulazi u biljke čaja.
Prekomjerna konzumacija fluora može uzrokovati stanje poznato kao fluoroza, zbog čega zubi i kosti postaju obojeni i lomljivi. Neke studije također sugeriraju da visoka razina konzumacije fluora također može povećati rizik od određenih karcinoma, zbog čega je fluor u čaju zabrinut za ljude koji žele paziti na svoje zdravlje, pogotovo jer se čajevi poput zelenog čaja često preporučuju za prevenciju raka.
Količina fluora u čaju za sada je samo glavni problem za ljude koji svakodnevno piju veliku količinu koncentriranog čaja ili za ljude koji žive u područjima s jako fluoriranom vodom. Nekoliko slučajeva fluoroze povezano je s velikom konzumacijom čaja u Aziji, gdje je dio vode prirodno fluoriran zbog otopljenih minerala koje sadrži.