Krov staklenika nije jedna veličina za sve, a učinkovito pokrivanje staklenika može se postići kroz niz različitih materijala. Najčešći materijali koji se koriste kao krovovi staklenika uključuju staklo, polietilensku foliju, dvoslojne ploče od polikarbonata ili akrila te ploče ili folije od stakloplastike. Svaki od ovih materijala ima prednosti i nedostatke, a jedan može biti prikladniji za određenu vrstu staklenika od drugog. Svaki krovni materijal staklenika ima jednu vrlo važnu zajedničku karakteristiku: to je bistar ili poluproziran, svjetlopropusni materijal koji će omogućiti biljkama unutar staklenika da prime svjetlost i toplinu koja im je potrebna za rast.
Prilikom odabira materijala koji je najbolji za krov staklenika, graditelj će htjeti uzeti u obzir svoj proračun i vrstu staklenika koji bi želio izgraditi. Različiti materijali mogu biti bolji ovisno o tome hoće li staklenik biti mali ili veliki, ili je trajna ili polutrajna struktura. Vrsta materijala za uokvirivanje također može napraviti razliku u najboljim materijalima za krov staklenika. Imati dobro izrađen plan dobar je prvi korak u određivanju koji je krov najprikladniji za staklenik.
Najtradicionalnije i najtrajnije rješenje za krov staklenika je staklo. To je najčišći materijal koji je najpropusniji za svjetlost i može biti prilično dugotrajan ako je pravilno postavljen. Staklo je često najbolji izbor za trajne staklenike, solarije ili sunčane sobe. Kaljeno staklo, koje može biti i do pet puta deblje od običnog stakla, predstavlja najmanji rizik od pucanja ili razbijanja. Krov staklenika od kaljenog stakla može biti jedini krovni materijal koji može zadržati vrlo težak, mokar snijeg tijekom dugog razdoblja, a da se ne uruši.
Ipak, stakleni krovovi imaju svoje nedostatke. Općenito zahtijeva najvišu početnu cijenu, ne samo zbog cijene stakla, već i zato što zahtijeva jake, čvrste materijale za uokvirivanje za njegovu podršku. Mora se paziti na pažljivo konstruiranje i brtvljenje staklenih krovova staklenika, jer oni koji nisu pravilno zapečaćeni imaju veliku vjerojatnost propuštanja. Staklo također nosi veći rizik od lomljivosti od nekih drugih materijala, a nije ni najbolji izolator.
Listovi ili ploče od stakloplastike su dugotrajna, jeftinija alternativa staklu i mogu se koristiti u stalnim stakleničkim strukturama 15 ili više godina. Ovaj materijal je mnogo lakši od stakla, tako da ne zahtijeva teško uokvirivanje na isti način kao stakleni krov. Stakloplastika je dovoljno izdržljiva da izdrži mnoge vrste vremenskih i drugih vanjskih elemenata. Međutim, s vremenom će se prodiranje svjetlosti ovog materijala smanjiti; zahtijeva održavanje kako bi se održala najbolja moguća propusnost svjetlosti. Stakloplastika također nije tako fleksibilna kao neke druge vrste krovišta za staklenike.
Polietilenska ili plastična folija je jeftina, fleksibilna, lako dostupna i lako nanosiva obloga staklenika. Prozirnost može biti usporediva sa staklom, što daje izvrsnu propusnost svjetlosti. Kada su u pitanju mali, privremeni, prijenosni ili sezonski staklenici, polietilenska folija može biti brzo i jednostavno rješenje za krovište staklenika. Također se lako primjenjuje na staklenike sa zakrivljenim ili lučnim krovovima, a može se koristiti u staklenicima s otvorenim ili otvorenim krovom kada je potreban materijal koji se može uvući.
Neke vrste polietilenske folije mogu biti dovoljno čvrste da traju i do pet godina, a neke su tretirane aditivima koji pomažu reflektirati i zračiti toplinu u staklenik. S druge strane, filmske obloge nisu izdržljive kao staklo ili stakloplastike, mogu se lakše oštetiti od drugih materijala i zahtijevaju najčešću zamjenu. Malo je vjerojatno da će biti dobar izbor za trajne staklenike.
Dvoslojni polikarbonatni ili akrilni krov za staklenike, koji se općenito izrađuje s jednako raspoređenim „mrežama“ između dva sloja, vrlo dobro zadržava toplinu. Možda je najbolji krovni materijal kada su u pitanju troškovi energije ili niske temperature. Jači je i izdržljiviji od filma te može biti dovoljno fleksibilan za korištenje na zakrivljenim krovovima. Prilično je dugotrajan, ponekad i do 10 godina.
S druge strane, dvoslojna konstrukcija ne propušta toliko svjetla kao staklo ili jednoslojna stakloplastika. Polikarbonatni materijali mogu biti osjetljivi na žutilo, iako je manja vjerojatnost da će akril požutjeti. Ova vrsta materijala također neće trajati tako dugo kao staklo ili stakloplastike.