Bez obzira na to kako je posađen ili uzgojen, gomolj begonije će u nekom trenutku tijekom godine ući u stanje mirovanja. Gomolji begonije, međutim, mogu se pohraniti tijekom zimskih mjeseci i ponovno posaditi u proljeće. Najvažniji čimbenik pri skladištenju gomolja begonije je da bude potpuno suh. To se obično postiže pohranjivanjem u vrećice ili materijale koji odvode vlagu s površine žarulje. Također ih je potrebno čuvati na hladnom mjestu i redovito ih je provjeravati da ih ne zahvate bolesti, gljivice ili štetnici.
Prvi korak u skladištenju gomolja begonije je proces sušenja. Nakon što se gomolj izvuče iz zemlje, potrebno ga je pustiti da se potpuno osuši, po mogućnosti dok se stabljike biljke lako ne odvoje od gomolja. Žarulje nalik na disk treba očistiti od prljavštine, krhotina i insekata koji bi mogli biti na njima, ali suhim ručnikom ili četkom, a ne vodom. Kada se potpuno osuši, gomolj se može premazati posebnim sumpornim prahom koji može spriječiti rast gljivica na površini.
Osušeni gomolj begonije potrebno je čuvati u nečemu što će ga zaštititi od okolišnih uvjeta poput prašine, štetnika i hladnog propuha. Istodobno, zrak mora moći cirkulirati oko gomolja. Jedan uobičajeni način pohrane gomolja begonije je stavljanje u slabo zatvorenu papirnatu vrećicu. Druga mogućnost je perforirana plastična vrećica, poput onih koje koriste komercijalni uzgajivači, koja je punjena laganom tvari poput vermikulita.
Ponekad torba nije potrebna. Za pohranu gomolja begonije može poslužiti sanduk za mlijeko pun isjeckanih novina. Ako se biljka uzgaja u zatvorenom prostoru, onda se može ostaviti izravno u suhom tlu lonca, sve dok se lonac nalazi na hladnom mjestu. Čak i u regijama u kojima tlo možda nikada neće dobiti jak mraz, gomolje bi ipak trebalo čuvati u zatvorenom prostoru za zimu, jer inače riskiraju truljenje u zemlji zbog kiše.
Ispravna temperatura za skladištenje gomolja begonije je između 40° Fahrenheita i 50° Fahrenheita (oko 4° Celzijusa do 10° Celzija). Ako se pohranjuje više gomolja, onda ih treba odvojiti u različite vrećice ili razmaknuti na dobroj udaljenosti kako bi se osiguralo da se truljenje ili gljivica ne šire brzo na cijelu seriju. Gomolje treba redovito provjeravati, a loše ili upitne ukloniti ili, u najmanju ruku, odmaknuti od ostalih.