Postoje dvije različite vrste hidroponskih sustava. Za jednu je potrebna upotreba drugog uzgojnog medija osim tla. Drugi koristi zrak ili vodu kao medij za uzgoj, ostavljajući korijenje izloženim. Obje vrste zahtijevaju hranjivu otopinu vode s otopljenim mineralima. Svaki tip sustava ima tri primarne varijacije.
Hidroponski sustavi koji zahtijevaju medij za uzgoj općenito koriste proizvode kao što su pijesak, šljunak i perlit, koji je vulkanski materijal. Korijenje biljaka raste kroz medij jednako kao i kroz tlo. Hranjiva otopina prolazi kroz medij kako bi nahranila biljke. Druge vrste medija koje se obično koriste su kamena vuna, kokosova vlakna i vermikulit. Postoje tri varijacije srednjeg tipa sustava: sustav fitilja, sustav oseke i oseke i sustav kapanja.
Sustav fitilja je najosnovniji hidroponski sustav. Posuda za uzgoj napunjena je podlogom. Unutar posude nalaze se razni fitilji koji dopremaju otopinu iz spremnika u posudu za uzgoj. Kisik se mora dovoditi u rezervoar za vodu pomoću zračne pumpe. Svi sustavi koji koriste rezervoar moraju također koristiti zračnu pumpu, pumpu za vodu ili oboje za oksigenaciju vode.
Sustav oseke i oseke druga je varijacija. Posuda za uzgoj napunjena je podlogom. Vodena pumpa se koristi za dovod otopine u medij iz rezervoara. Preljev u posudi za uzgoj vraća otopinu u rezervoar. Crpka je općenito na tajmeru.
Treća varijanta je sustav kapanja. Sustav za navodnjavanje kap po kap opskrbljuje otopinom podnožje biljaka. Posuda za uzgoj ponovno se napuni medijem, cijevi za kapanje se postavljaju na medij, a otopina kaplje kroz medij. Na dnu posude za uzgoj postavlja se odvod. Voda s hranjivim tvarima se zatim vraća u rezervoar ili odbacuje, što se naziva sustavom bez povrata.
Hidroponski sustavi koji koriste zrak ili vodu kao medij za uzgoj također imaju tri varijacije: vodenu kulturu, hranjivi film i aeroponsku. Prednost ovih sustava je što nema medija za zamjenu ili kupnju. Nedostatak dva od ovih sustava je što je korijenje izloženo zraku. Nestanak struje ili prekid pumpe mogu dopustiti da korijenje postane previše suho.
Prvi od ovih hidroponskih sustava naziva se vodena kultura. Spremnik je napunjen otopinom, a zračna pumpa osigurava kisik u otopinu. Na otopinu se postavlja plutajući pladanj za uzgoj, a korijenje se izlaže u otopini. Posuda za uzgoj može biti izrađena od bilo kojeg materijala koji će plutati. U plutajuću ladicu postavljaju se rupe, a male košare podupiru biljke.
Sustav hranjivog filma koristi zrak kao medij za uzgoj. Posuda za uzgoj u ovom sustavu može biti velika cijev kao što je cijev od polivinil klorida (PVC). Pumpa za vodu opskrbljuje hranjivu otopinu iz rezervoara, kroz cijev i natrag u rezervoar. Na vrhu cijevi za uzgoj izrezuju se rupe, a korijenje biljke pusti da visi u otopini koja teče kroz cijev. Medij za uzgoj je zrak, pa bi prekid pumpe za vodu mogao dopustiti da se korijenje osuši.
Aeroponski sustav je konačna varijacija hidroponskih sustava. Medij za uzgoj ponovno je zrak, a isti nedostatak prekida rada pumpe može oštetiti korijenje. Posuda za uzgoj može biti sve što može poduprijeti biljku iznad rezervoara tako da korijenje visi u zraku. Vodena pumpa opskrbljuje korijenje finom maglicom otopine u određenim vremenskim intervalima. S ovim sustavom se općenito koristi mjerač vremena kratkog ciklusa.