Šišmiši su korisne životinje, ali mogu uzrokovati velike probleme kada se usele u dom. Bolest je velika opasnost od zaraze šišmišima, uključujući histoplazmozu zbog udisanja njihovog otpada, poznatu kao guano, i rizik od bjesnoće zbog rukovanja zaraženim šišmišima. Uklanjanje i čišćenje šišmiša trebao bi obaviti stručnjak. Postoje načini na koji vlasnici kuća mogu spriječiti početnu kolonizaciju šišmiša ili buduće zaraze.
Manje od jedan posto populacije šišmiša nosi virus bjesnoće. Svaki kontakt sa šišmišima treba izbjegavati, jer bijesni šišmiši ne pokazuju uvijek neobično ponašanje. Histoplazmoza je bolest pluća uzrokovana udisanjem gljivice prisutne u izmetu šišmiša ili ptica. Guano šišmiša i urin također mogu uzrokovati strukturna oštećenja doma. Šišmiš pronađen u zatvorenom prostoru vjerojatno znači da će se morati izvršiti uklanjanje šišmiša.
Vlasnici kuća koji pronađu šišmiša u kući se snažno ohrabruju da ga ne diraju golim rukama. Teške kožne rukavice zaštitit će od ugriza. Mrežu ili ručnik možete nježno baciti preko šišmiša kako biste ga uhvatili. Ako je na zavjesi ili drugoj okomitoj površini, kutija ili se može staviti preko palice i ispod nje kliznuti ravna daska ili komad kartona. Lokalni zdravstveni odjel ili kontrola životinja mogu pomoći da se šišmiš pošalje na testiranje na bjesnoću.
Budući da su mnoge vrste šišmiša zaštićene, istrebljenje je u mnogim područjima nezakonito. Uklanjanje šišmiša najbolje je postići isključenjem i treba ga izbjegavati između svibnja i kolovoza kada postoji vjerojatnost da će biti prisutna dojenčad šišmiša koji ne mogu letjeti. Stručnjak će prvo temeljito pregledati strukturu kako bi vidio gdje šišmiši ulaze i izlaze. Šišmiši se mogu provući kroz otvore veličine samo 1/2 inča (1.27 cm), tako da pregled mora pokriti sve zabate, ventilacijske otvore i prevjese na zgradi.
Nakon što se identificiraju dostupni otvori, mogu se ugraditi jednosmjerni uređaji za preklop od plastike ili mreže koji dopuštaju šišmišima izlazak, ali ne i ponovni ulazak. Kada je uklanjanje šišmiša završeno, uređaji se mogu ukloniti i otvori zatvoriti. Tada može početi sanacija guana i popravak bilo kakve štete koju su prouzročili šišmiši. Osiguranje može pokriti postupak čišćenja i isključenja jer životinje nisu glodavci.
Redovito održavanje strukture kako bi se identificirale male rupe i pukotine u koje šišmiši mogu ući pomoći će im da se ne vrate. Zabatni ventilacijski otvori mogu se blokirati žičanom mrežom, a sve pukotine treba zatvoriti brtvom. Nakon što je uklanjanje šišmiša uspješno, kućica za šišmiša može se postaviti u dvorište ako vlasnici kuće žele zadržati životinje u blizini zbog svojih sposobnosti kontrole insekata.