Morfogeneza je važan proces u razvojnoj biologiji u kojem organizmi razvijaju svoje karakteristične oblike. To uključuje razvoj oblika tkiva, organa i organizma u cjelini — nije ograničen samo na cijeli oblik organizma. Ovaj proces kojim se oblik definira neizravno je kontroliran genetskom strukturom stvorenja. Različiti procesi, kao što su kemijski signali koji uključuju hormone i fizička opterećenja nametnuta obrascima razvoja stanica, uzrokuju razvoj stanica na zadani način koji dovodi do stvaranja organa specifičnog oblika. Dok se morfogeneza obično ispituje odvojeno od staničnog rasta, to dvoje je u osnovi isto u razvoju jednostaničnih organizama, budući da je oblik takvog stvorenja definiran oblikom njegove jedne stanice.
Postoji mnogo različitih elemenata razvojne biologije koji na kraju pridonose morfogenezi. Diferencijacija stanica, proces kojim se jedna stanica dijeli kako bi formirala mnoge, važna je jer se mnogi oblici organa koji dovode do cjelokupnog oblika organizma određuju na temelju obrazaca stanične diferencijacije. U ranom razvoju, na primjer, prva stanica se dijeli na dvije, ali se te dvije stanice neće nužno dijeliti simetrično. Različite stanice se dijele u različito vrijeme, uzrokujući na taj način asimetričan razvoj koji, nakon mnogih naknadnih podjela, dovodi do oblika. Ove asimetrije općenito pokreću genetske upute koje provode proteini ili drugi kemijski i prostorni elementi.
Rast stanica je još jedan važan aspekt razvojne biologije koji doprinosi morfogenezi. Rast stanice opisuje koliko stanica raste u smislu sadržaja organela i citoplazme. Neke stanice narastu prilično velike dok druge ostaju prilično male. Različite veličine stanica igraju važnu ulogu u morfogenezi, budući da se stanice različitih veličina mogu kombinirati na različite načine kako bi proizvele organe različitih oblika.
Morfogeneza je relativno delikatan proces koji se može poremetiti ili izmijeniti na mnogo različitih načina. Razvojni genetičari često proučavaju morfogenezu deaktivirajući specifične ciljane gene koji pohranjuju genetske upute za određene stanice kako bi proizveli signale koji pokreću ili zaustavljaju različite aspekte rasta i diferencijacije stanica. Često takvi pokusi rezultiraju organizmima koji se ne razvijaju dovoljno da prežive prošli razvoj embrija. U nekim slučajevima, određeni važni organi se ne formiraju u potpunosti, dok se u drugim diferencijacija možda neće dogoditi dovoljno da se oblici organa uopće razviju. Proučavajući morfogenezu na ovaj način, znanstvenici su u mogućnosti povezati specifične gene s određenim razvojnim funkcijama.