Postoji niz tehnika za suzbijanje voćnih mušica u kuhinji, uključujući metode za sprječavanje infestacija i njihovo brzo suzbijanje. Važno je točno identificirati muhe prije početka kampanje iskorjenjivanja, jer tehnike učinkovite za voćne mušice možda neće funkcionirati s drugim vrstama. Voćne mušice su male i obično ih privlače voće i slatke stvari ostavljene na pultu. Također su češći u jesen.
Kako biste spriječili zarazu vinske mušice, važno je ukloniti izvore hrane i vode. Treba riješiti curenja i druge potencijalne puteve za vlagu. To će također smanjiti mrave i druge neželjene posjetitelje. Ako svježe voće treba izostaviti i ne može se zatvoriti u kontejnere, treba ga čuvati u prosijanom spremniku kako bi se spriječile muhe. Također se preporuča provjera svih otvorenih prozora kako bi se voćne mušice i drugi insekti držali izvan kuće. Održavanje kuhinje pomno čistom i temeljito ispiranje svih reciklaža, posebno limenki i boca sode, također će pomoći. To eliminira potencijalne atrakcije, čineći kuhinju manje zanimljivom za voćne mušice.
Za ljude koji imaju problem s voćnim mušicama u kuhinji, papir za muhe može pomoći u hvatanju muha za uklanjanje. Zamke su također korisne; vrlo jednostavna zamka može se napraviti tako da ulijete nekoliko unci octa ili stavite mali komad voća u staklenku i preko njega stavite papirnati lijevak, s malim otvorom prema dolje. Muhe mogu ući u lijevak, ali imaju poteškoća pri bijegu. Kada je zamka puna, voćne mušice se mogu izvesti van.
Insekticid je također opcija, ali se mora pažljivo koristiti. Kemijski sprejevi mogu biti opasni za djecu i kućne ljubimce. Zamke za muhe s mamcem treba držati podalje od hrane i izvan dohvata male djece i životinja radi sigurnosti, a također ih treba odmah isprazniti kako bi se izbjeglo nakupljanje mrtvih muha.
Odvodi su ponekad ciljani kao izvor ili atraktant za voćne mušice u kuhinji. Neke se bube razmnožavaju u odvodima, ali češće, organski materijal zarobljeni u odvodu mami muhe, a ljudi misle da muhe dolaze iz odvoda jer ih vide kako lebde oko otvora. Enzimsko sredstvo za čišćenje može se uliti u odvod kako bi se otopila stvrdnuta hrana i omogućilo njeno ispiranje. Ulijevanje sode bikarbone i octa u odvod i nakon toga ispiranje kipućom vodom također može biti učinkovito.