Najčešći problemi s biljkama rajčice su bolesti, insekti i ekološki problemi. Uzgoj rajčice iz presadnica rajčice u zdrave biljke rajčice zahtijeva razumijevanje koji problemi mogu utjecati na povrtnjak i kako izbjeći štetnike rajčice.
Bolesti su najviše frustrirajuće od problema s biljkama rajčice jer često nema liječenja. Uspješan uzgoj rajčice uključivat će promatranje biljaka od sjemena rajčice do berbe. Gljive koje se prenose kroz tlo kao što su Fusarium i verticillium oštećuju stabljike i uzrokuju promjenu boje. Kada se stabljika ošteti, hranjive tvari se ne prenose u gornji dio biljke, zbog čega biljka vene i odumire. Nema tretmana pa je važno kupiti otporne sorte.
Druge vrste bolesti koje mogu uzrokovati probleme s biljkama rajčice su virus pjegavog uvenuća rajčice i virus mozaika duhana. Virus pjegavog uvenuća rajčice širi se tripsom i uzrokuje nastanak rakova na rajčici te ponovno odumiranje lišća i stabljike. Budući da nema lijeka, zaražene biljke se moraju ukloniti iz vrta i baciti. Virus mozaika duhana obično šire vrtlari koji puše ili su bili u kontaktu s duhanom. Kako bi spriječili, vrtlari bi trebali oprati ruke prije rukovanja bilo kojom biljkom.
Kukci također pridonose problemima s biljkama rajčice bilo prenoseći bolesti ili jedući biljke. Rogasti crvi su vrsta gusjenice koja jede lišće. Obično su dugi tri do četiri inča i lako uočljivi. Često ih je dovoljno ukloniti iz zaražene biljke. Druga vrsta insekata koji jede lišće je buha. Najbolji način da svoje biljke riješite ovog insekata je da obrišete lišće sapunicom.
Insekti koji sišu sok kao što su lisne uši i psilidi također stvaraju probleme biljkama rajčice. Obje se nalaze na donjoj strani lišća, zbog čega biljke zakržljaju. Ako je zaraza jaka, neće nastati rajčice. Za uklanjanje zaraženih biljaka od lisnih uši ili psilida, može se koristiti insekticidni sapun.
Problemi s okolišem najčešći su problemi s biljkama rajčice i ujedno ih je najlakše kontrolirati. Gniloba cvjetova, koja uzrokuje da donji dio dozrijele rajčice pocrni, smežura se i trune, uzrokovan je nedostatkom kalcija tijekom razvoja. Redovito zalijevati biljku rajčice i ne dopuštati dugotrajne sušne periode obično sprječava truljenje kraja cvjetova.
Pukotine u rastu još su jedan ekološki problem koji se može lako kontrolirati. Pukotine rasta mogu oblikovati kružni uzorak na vrhu rajčice ili formirati duboke pukotine koje se protežu okomito od stabljike do baze. Obje su uzrokovane početnim prekomjernim zalijevanjem ili periodom jake kiše nakon čega slijedi nedostatak zalijevanja što je rezultiralo usporavanjem rasta biljke. Kako biste to spriječili, biljke treba redovito zalijevati i ne dopustiti da se zalijevaju.