Na površini, iu mnogim osnovnim aplikacijama, boje OpenGL® izgledaju vrlo jednostavne za korištenje. Postoje situacije i suptilnosti u rendereru koje se ponekad mogu previdjeti, međutim, uzrokujući neočekivane rezultate u sceni. To može biti uzrokovano dubinom boja ili postavkama hardvera. U drugim slučajevima, jednostavne stvari kao što je način sjenčanja mogu se previdjeti i rezultati renderiranja bit će neočekivani. Konačno, složeniji mehanizmi koji rade na OpenGL® bojama, kao što su rasvjeta i materijali, mogu drastično utjecati na to kako konačni rezultat izgleda.
Jedna stvar u koju morate biti sigurni u programu koji koristi OpenGL® je da su sve ispravne varijable postavljene. To znači osigurati da je način sjenčanja postavljen na ravan ili gladak prema potrebi prije renderiranja. Redoslijed boja također treba postaviti na očekivanu vrijednost. Iako gotovo svi programi koriste redoslijed crvene, zelene i plave (RGB), postoje formati slika i drugi čimbenici u kojima bi bilo lakše promijeniti redoslijed i koristiti model plave, zelene i crvene boje (BGR).
Jedan koji se ponekad zanemaruje, a ponekad i težak, element OpenGL® boja je dubina boje. Iako se program u razvoju može kreirati za korištenje dubine boje monitora razvojnih sustava, dubina monitora drugog korisnika možda neće biti ista. To znači da, ako je program razvijen s 24-bitnom dubinom boje i pokrenut na sustavu sa 16-bitnom dubinom boje ili indeksiranim modelom boja, tada se scena neće pravilno prikazati i može se činiti da program ne raditi. Uspostavljanje i prilagođavanje dostupne dubine boje može izbjeći ovu vrstu frustracije.
Dva područja OpenGL® boja koja imaju širok raspon nijansi koje mogu proizvesti neželjene rezultate su sustavi rasvjete i materijala. Kada koristite rasvjetu, važno je uzeti u obzir način na koji će svjetlost komunicirati s objektom i potencijalnu boju svjetla, ako je definirana. S nepravilnim postavljanjem i postavkama, izvor svjetlosti može isprati boje ili promijeniti njihov izgled. Eksperimentiranje bi moglo biti jedini način da se pronađe ispravna ravnoteža između očuvanja atmosfere scene i preciznog prikazivanja boja.
Sustav materijala može u potpunosti promijeniti OpenGL® boje na površini objekta. Postavljanje previsokih ambijentalnih, difuznih ili zrcalnih vrijednosti može dovesti do toga da objekti budu potpuno bijeli, dok druge postavke mogu učiniti objekte crnim ili nevidljivim. Postavke izvora svjetla za scenu također mogu zakomplicirati sustav materijala. Pri korištenju materijala mnogi se problemi mogu izbjeći ako se detaljno zna što svaki atribut radi.
Konačno, može biti važno razumjeti alfa kanal koji se koristi u OpenGL® bojama. Ovo je četvrta vrijednost uz RGB vrijednosti boje koja određuje prozirnost objekta. Mnogi programeri su frustrirani pokušavajući postaviti alfa vrijednost kako bi napravili proziran objekt, da bi mnogo kasnije otkrili da se boja difuznog atributa isključivo koristi za određivanje alfa vrijednosti cijelog objekta. Redoslijed crtanja objekata, bez obzira na kasnije transformacije, također određuje kako alfa vrijednost funkcionira. To znači da objekti koji su prozirni i zatim transformirani u poziciju ispred objekta koji se kasnije nacrta neće prikazati objekt iza njega zbog redoslijeda prikazivanja.