Uklanjanje zlonamjernog softvera je proces iskorjenjivanja potencijalno zlonamjernog softvera koji je potajno učitan na tvrdi disk dok korisnik računala posjećuje razne stranice diljem Interneta. Dok mnogi oblici zlonamjernog softvera ne čine ništa više od praćenja pregledavanja interneta i korištenja podataka za razvoj marketinških kampanja, neki oblici mogu uhvatiti povjerljive informacije kao što su brojevi kreditnih kartica i vjerodajnice za prijavu koje je uspostavio računalni operater. Danas je dostupan niz različitih sredstava za uklanjanje zlonamjernog softvera, mnogi od njih su besplatni.
Prisutnost zlonamjernog softvera znači da se resursi sustava preusmjeravaju na tihi rad softvera u pozadini. To može uzrokovati da računalo treba više vremena za izvršavanje različitih naredbi. U ekstremnim slučajevima, zahtjevi zlonamjernog softvera mogu dovesti do oštećenja softverskih i hardverskih komponenti, čineći ih neupotrebljivim. Postoje i kombinacije zlonamjernog softvera i virusa koje mogu oteti račune e-pošte u svrhu slanja SPAM poruka, distribuirati zaražene privitke korisnicima koji ništa ne sumnjaju, pa čak i uzrokovati da se računalni sustav zaključa i potpuno zakaže.
Uklanjanje zlonamjernog softvera obično se izvodi učitavanjem novog softvera na tvrdi disk koji može locirati komponente zlonamjernog softvera, analizirati ih i zatim ih izbrisati iz sustava. Postoji niz besplatnih paketa za uklanjanje zlonamjernog softvera. Sve što krajnji korisnik treba učiniti je preuzeti softver, pokrenuti skeniranje i zatim dati upute softveru da ukloni štetne tragače i druge oblike zlonamjernog softvera koji se nalaze na tvrdom disku.
Danas nije neobično pronaći alate za čišćenje sustava koji provode uklanjanje zlonamjernog softvera zajedno s uklanjanjem špijunskog softvera i uklanjanjem računalnih virusa u isto vrijeme. Korištenje ovih vrsta višenamjenskih čistača sustava eliminira potrebu za preuzimanjem nekoliko različitih softverskih paketa kao dijela procesa zaštite sustava. Mnogi od ovih višenamjenskih programa za uklanjanje zlonamjernog softvera također će očistiti registar svih sumnjivih unosa, kao i ukloniti trojance i razne vrste reklamnog i špijunskog softvera.
Nakon učitavanja, alat za uklanjanje zlonamjernog softvera može tiho raditi u pozadini kako bi skenirao dolaznu e-poštu, kao i blokirao automatsko preuzimanje softvera za praćenje s raznih internetskih stranica. Neki sustavi za uklanjanje špijunskog zlonamjernog softvera konfigurirani su za kontinuirano pokretanje kako bi se spriječile infekcije. Ostali programi dizajnirani su tako da ih krajnji korisnik s vremena na vrijeme postavlja kao sredstvo za povremeno brisanje zlonamjernog softvera s tvrdog diska.
Gotovo svaki alat za uklanjanje zlonamjernog softvera zahtijeva periodično ažuriranje. Budući da se novi oblici špijunskog softvera, adwarea i virusa svakodnevno razvijaju, kreator proizvoda za uklanjanje zlonamjernog softvera korisnicima će omogućiti ažuriranje kataloga zlonamjernih infekcija koje će program identificirati i ukloniti. Većina softverskih paketa ili dopušta automatsko ažuriranje dok je krajnji korisnik prijavljen na Internet ili potiče korisnike da redovito posjećuju kućnu stranicu za proizvod za uklanjanje zlonamjernog softvera i ručno preuzimaju ažuriranja.