Antivirusni softver za poslužitelje radi na sličan način kao antivirusni softver za pojedinačna računala. Vrste zaštite od virusa za poslužitelje uključuju skeniranje u stvarnom vremenu, pakete protiv špijunskog i zlonamjernog softvera te programe za potpuno skeniranje i uklanjanje datoteka. Neki antivirusni programi rade na određenim vrstama poslužitelja, kao što su SQL i proxy poslužitelji. Većina programa za zaštitu od virusa za poslužitelje aktivno prati internetski promet i prijenos datoteka.
Važna vrsta antivirusnog softvera za poslužitelje je skeniranje u stvarnom vremenu. Ova vrsta softvera može biti značajka unutar kompletnog paketa za zaštitu od virusa ili samostalne aplikacije. Softver za skeniranje u stvarnom vremenu aktivno ispituje sve datoteke i komunikacije koje prolaze kroz Internet i intranet komunikacijske portove. Ako aplikacija otkrije prijetnju ili sumnjivu adresu internetskog protokola (IP), blokira je ili stavlja u karantenu.
Postavke programa za skeniranje virusa u stvarnom vremenu mogu se konfigurirati prema potrebama organizacije. Mrežni administratori obično su zaduženi za određivanje koje vrste antivirusnih programa su potrebne. Administrator može prilagoditi aplikaciju za skeniranje da traži određene vrste datoteka i IP adrese. Većina aplikacija za skeniranje pohranjenih na poslužitelju može ispitati sav promet na pojedinačnim strojevima koji su spojeni na lokalnu ili široku mrežu.
Popularna i bitna vrsta antivirusnog softvera za poslužitelje je aplikacija koja traži virusne programe unutar svih pohranjenih datoteka. Uključena u većinu ovih softverskih paketa, takva aplikacija rutinski ispituje datoteke koje već postoje. Mrežni administratori mogu postaviti određena vremena i dane za pokretanje aplikacije, što će također ukloniti zarazne programe iz postojećih datoteka. Program obično daje neku vrstu obavijesti administratoru, koji će možda morati izbrisati zaražene datoteke kako bi u potpunosti uklonio virus.
Aplikacije za proaktivno skeniranje još su jedna vrsta antivirusnog softvera za poslužitelje. Ove vrste aplikacija skeniraju poslužitelje za potencijalne rupe koje bi ih mogle učiniti podložnim upadima. Osim što samo traže potencijalnu ranjivost, ove aplikacije mogu pružiti prikladne popravke koji mogu ojačati obranu poslužitelja od neželjenih napada.
Antivirusni softver za poslužitelje može biti prilagođen vrsti poslužitelja koji se koristi. Različiti poslužiteljski programi predstavljaju različite probleme kompatibilnosti i sigurnosti. Na primjer, program za zaštitu od virusa može ometati brzinu poslužitelja. SQL ili poslužitelji jezika strukturiranih upita mogu biti izloženi većem riziku ako se koriste u javnoj lokalnoj mreži ili obrađuju i e-poštu i internetski promet. Iz tog razloga, antivirusni softverski paketi koji uključuju zaštitu od višestrukih načina upada mogu biti prikladniji.