Postoji niz različitih savjeta i prijedloga za uklanjanje špijunskog softvera i virusa s računala. Održavanje ažurnog antivirusnog programa jedan je od najvažnijih savjeta za sprječavanje i uklanjanje špijunskog softvera i virusa. Nakon što je računalo zaraženo, često može biti potrebno ukloniti špijunski softver ili virus s računala podizanjem sustava u sigurnom načinu rada ili s diska. Iako to možda nije primjenjivo za uklanjanje špijunskog softvera i virusa s računala, jedan od najboljih savjeta za korisnike računala jest prakticirati pažljive navike korištenja računala kako bi uopće pokušali izbjeći većinu zlonamjernog softvera.
Uklanjanje špijunskog softvera i virusa može biti jedna od najtežih i najneugodnijih radnji koje će korisnik računala ikada morati poduzeti. Nakon što se dio zlonamjernog softvera instalira na računalo, uklanjanje tog softvera može biti prilično teško i može zahtijevati mnogo truda. Računalo bi na njemu trebalo imati instaliran izvrstan antivirusni program, a ovaj program treba održavati ažurnim. Novi virusi i špijunski softver otkrivaju se alarmantnom učestalošću; kako bi se osiguralo pravilno uklanjanje špijunskog softvera i virusa iz sustava, antivirusni program na tom sustavu mora moći identificirati novi zlonamjerni softver na računalu.
Zlonamjerni softver često uspijeva ne samo promijeniti način na koji računalo radi, već se i sakriti unutar računalnog sustava i otežati uklanjanje špijunskog softvera i virusa. To se može učiniti na više različitih načina, iako je jedan od najčešćih da virusni program za sebe sakrije operaciju instalacije unutar prioriteta pokretanja operacijskog sustava (OS). Nakon što se to učini, ako se virus ukloni s računala, virus će se ponovno instalirati kada se računalo ponovno pokrene i OS se ponovno pokrene. Kako biste zaobišli ovaj problem i osigurali pravilno uklanjanje špijunskog softvera i virusa, računalo se može pokrenuti u sigurnom načinu rada ili s OS diska koji zaobilazi upute za instalaciju koje je kreirao virus, a zatim se može pokrenuti antivirusni program.
Sve dok su svi važni podaci na tvrdom disku ispravno sigurnosno kopirani, uklanjanje špijunskog softvera i virusa također se može olakšati ponovnim formatiranjem pogona. Ovo je nešto kao ekstremna mjera, ali je jedan od načina da osigurate da je zlonamjerni softver uklonjen. Također je obično lakše potpuno izbjeći uklanjanje špijunskog softvera i virusa prakticiranjem sigurnih računalnih navika, osobito dok pristupate internetu. Treba izbjegavati čudne poveznice i sumnjive e-poruke, a vrlo koristan može biti i antivirusni program koji skenira web stranice i poveznice.