Dok datoteka kodirana u MHTML-u sadrži dijelove koji su čisti HTML kod, mogu se pojaviti komplikacije kada se pokuša pretvoriti MHTML u HTML. Nekoliko programa može čitati MHTML — ili višenamjenske ekstenzije internetske pošte (MIME) HyperText Markup Language (HTML) — datoteke i izvedene formate, ali je potrebna posebna vrsta programa za pretvaranje i pisanje sadržaja datoteke u HTML. Mogli bi se pojaviti problemi jer su digitalni podaci s web-mjesta kodirani unutar datoteke, a rekonstrukcija web-mjesta s ispravnim poveznicama na sve lokalne informacije može biti zastrašujući zadatak. Za većinu operacijskih sustava postoje programi koji dopuštaju pretvorbe MHTML u HTML, iako bi korisnik mogao zahtijevati dodatni rad.
Primarni problem za pretvaranje datoteka iz MHTML-a u HTML su binarni podaci koji su zapisani u datoteci. Podaci se spremaju na način koji omogućuje čitanje i prikaz MHTML datoteke u web pregledniku, ali ne olakšava pretvaranje te iste datoteke. MHTML je pohranjen kao vrsta ugrađenog koda koji koristi različite varijable kako bi organizirao lokacije digitalnih datoteka. Binarne informacije, kao što je slika koja je na mreži, pohranjuju se na izvornoj web stranici s poveznicama na mrežne lokacije. Ove informacije se uklanjaju i prevode u lokalne varijable s MHTML datotekama, što otežava stvarno usklađivanje binarnog medija s njegovom pravilnom lokacijom i formatiranjem unutar HTML dokumenta.
Postoji nekoliko programa koji mogu pretvoriti MHTML u HTML. Postoje dodaci i drugi dodaci koji mogu dopustiti programu učitavanje, uređivanje i zatim ponovno spremanje datoteke natrag u MHTML, ali postoji samo nekoliko samostalnih programa koji će je pokušati pretvoriti u HTML. Često ovi programi zahtijevaju od korisnika da pogleda kod kako bi odredio gdje bi binarne datoteke trebale biti smještene u kodu, što im omogućuje da rekonstruiraju stranicu iz arhive.
Ne mogu se sve web stranice točno spremiti kao MHTML datoteka. Različiti složeni formati koji se mogu ugraditi kao medij na web-mjesto neće ispravno spremiti, ako se uopće spremaju. To uključuje Java® aplete, streaming medije i mnoge skripte koje se oslanjaju na druge datoteke na poslužitelju kojima računalo za pregledavanje nema pristup.
Najučinkovitiji način za pretvaranje MHTML-a u HTML je pronaći samostalne programe i dodatke koji će postepeno pretvarati datoteke iz jednog formata u drugi i, konačno, eventualno u HTML. Određeni operativni sustavi čak nemaju podršku za MHTML datoteke u svojim preglednicima. Ako sve ostalo ne uspije, moguće je ručno dekodirati binarne MIME informacije u datoteci ručno pomoću dekodera baze 64, ekstrahirati samo HTML i pokušati ručno rekonstruirati web stranicu koja se nalazi u arhivi, ali ovaj proces bi bio vrlo naporan.