Barokne orgulje su orgulje koje su građene u određenom stilu i prema određenim specifikacijama tijekom barokne ere. To je razdoblje trajalo od oko 1685. do 1750. godine. Tijekom tog vremena bilo je mnogo inovacija u umjetnosti, glazbi i arhitekturi, a dizajn orgulja se dramatično promijenio, povećavši njihovu veličinu, snagu i glazbeni raspon. Poznati barokni skladatelji kao što je Johann Sebastian Bach u Njemačkoj surađivali su s majstorima graditeljima orgulja kako bi proizveli ono što se smatra nekim od najboljih orgulja ikada napravljenih.
Barokna glazba bila je vrlo ukrašena i bogate teksture. Povezane najčešće s vjerskom glazbom, barokne orgulje bile su mnogo moćnije od svojih prethodnika iz renesanse. Često se koristio kao solo instrument ili dio “concerto grosso”, dva ili više solo instrumenata uz pratnju orkestra. Bachova Muka po Mateju, koristeći dvije orgulje u skladbi, napisana je 1727. godine i smatra se jednim od remek djela zapadne sakralne glazbe.
Kako su se razvile tijekom baroknog razdoblja, orgulje su postale “pleno” ili pune orgulje. Talijanske orgulje pune veličine, na primjer, mogu imati čak 600 cijevi i sadržavati preko 2000 dijelova. Neke od najvećih orgulja nastalih u tom razdoblju imaju tisuće lula i čak sedam priručnika, odnosno klavijatura, povezanih s orguljskim cijevima. U vanjskom dizajnu orgulje nalikuju na barokne katedrale u kojima su se često koristile. Orgulje su tog razdoblja trebale biti umjetničko djelo kao i instrument.
Uz povećanje veličine, barokne orgulje doživjele su mnoge tehničke inovacije. Suradnja poput one između Bacha i majstora graditelja orgulja Gottfrieda Silbermanna pomogla je donijeti neke od promjena. Silbermann je napravio orgulje za upotrebu u cijeloj Europi.
Značajna promjena je povećanje broja i dizajna graničnika za orgulje te rasporeda manuala i lula. „Zaustavljači“ za orgulje propuštaju zrak pod tlakom u cijevi, a orguljaš ih je mogao uključiti ili isključiti. Počeli su se projektirati graničnici koji bi mogli oponašati zvukove drugih instrumenata. Također je povećan broj, što je omogućilo veliku raznolikost zvukova.
Odvojene klavijature za stopala, sastavljene od pedala, proširene su kako bi se omogućila veća regulacija zvukova. Cijevi su bile organizirane u stalke. Svaki stalak odgovarao je različitoj visini, drvu i volumenu.
Mnoge su inovacije baroknog dizajna orgulja i danas u uporabi. Organi preživjeli iz tog razdoblja smatraju se umjetničkim djelima i mnogi su izloženi u muzejima. Neki od dizajna ponovno su stvoreni za modernu upotrebu.