Vojni zatvor je zatvor koji gradi i održava vojska, a koji se može koristiti za držanje pripadnika vojske koji su počinili zločine u vezi sa služenjem vojnog roka, ratnih zarobljenika ili osoba koje predstavljaju prijetnju nacionalnoj sigurnosti. Uvjeti u ovoj vrsti zatvora i način na koji se zatvor koristi ovise o kojoj je zemlji riječ. U nekim područjima, zatvorenici u ovoj vrsti ustanova mogli bi dobiti bolji tretman od zatvorenika koji su počinili druga kaznena djela, posebice zato što često postoje stroga pravila o etičkom postupanju prema zatvorenicima koja se nadgledaju izvana. Čak i tako, uvjeti u vojnom zatvoru možda nisu tako transparentni kao što se čine, a prema zatvorenicima se u nekim slučajevima može postupati vrlo loše.
Većina zemalja ima neku vrstu vojnog zatvorskog sustava, ali neke su definiranije od drugih. Prvi tip vojnih zatvorenika koji se nalaze u ovom tipu zatvora čine ljudi povezani s vojskom koji su počinili zločin koji se odnosi na vojsku. Obično su ti zatvorenici osuđeni od strane vojnog suda. U tom smislu, vojni zatvor se može koristiti za kažnjavanje prijestupnika.
Drugi tip zatvorenika koji se najčešće nalazi u vojnom zatvoru obično nije kriv za počinjenje zločina unutar vojske, već je neprijatelj nacije ili neprijateljski borac. Ratni zarobljenici se obično drže u ovoj vrsti zatvora, ali ovo nije sustav izričito osmišljen za kažnjavanje zarobljenika. Postoje mnoga međunarodna pravila koja se odnose na postupanje s ovom vrstom zatvorenika dok su u zatvoru, a kršenje ovih pravila može imati strašne posljedice za državu.
Određeni kriminalci mogu se smatrati posebno opasnim za naciju, a mogu biti smješteni i u vojnom zatvoru. Ovi kriminalci, koji mogu uključivati teroriste ili špijune, često su podložniji lošem postupanju od ratnih zarobljenika. Ponekad se smatra prihvatljivim ispitati ovu vrstu zatvorenika radi dobivanja informacija. Presuđivanje ove vrste kriminalaca također je složeno, pa zatvorenik ove vrste možda nije ni kriv kada bude poslan u zatvor.
Kvaliteta i pravednost vojnog zatvora često se može smatrati da predstavljaju etiku same vojne organizacije. Ovim zatvorima upravlja isključivo vojska, a postupanje prema zatvorenicima odražava stav vojske, jer se to može manifestirati bez izravnog nadzora. Promatrajući ponašanje unutar vojnog zatvora stoga se može govoriti o promjenama koje je potrebno učiniti sveukupno kako bi se osiguralo da se vojna organizacija ponaša etički u svim aktivnostima.