Postoje dva načina za kategorizaciju koštanog nadomjesnog materijala za koštane transplantate: sintetički i prirodni. Sintetski nadomjestak koštanog transplantata obično se izrađuje od materijala kao što je kalcijev fosfat ili kalcijev sulfat. Prirodno napravljeni nadomjestak za kosti obično dolazi ili od autotransplantata, u kojem su donor i primatelj ista osoba, ili od alografta koji koristi kost trupla. Prirodni nadomjestak za kosti također može doći od ksenotransplantata, koji koristi životinjskog donora, obično kravu.
Nadomjesci koštanog transplantata također se mogu klasificirati prema tome kako se materijal presađuje na postojeću kost. Nadomjestak za kosti koji pokazuje osteokonduktivna svojstva, na primjer, je porozan i omogućuje prirodnoj kosti da izraste na koštani nadomjestak kao okvir za rast nove kosti. Osteokonduktivni nadomjesci kostiju uključuju kalcijev sulfat, poznatiji kao pariški gips; keramika od kalcijevog fosfata; i poroznu koralinsku keramiku, koja je izrađena od koralja.
S druge strane, osteoinduktivni materijali stimuliraju stanice na stvaranje novih osteoblasta, koji postaju nova kost. Demineralizirani koštani matriks je jedna vrsta osteoinduktivnog materijala koji je napravljen od rastućih proteina koji su ekstrahirani iz ljudske kosti za korištenje u koštanom presađivanju. Ova tvar nema dovoljnu strukturu za samostalno korištenje kao nadomjestak koštanog presatka i obično se koristi u kombinaciji s drugim materijalom za zamjenu koštanog presatka. Mnogi nadomjesci za kosti kombiniraju i osteokonduktivna i osteoinduktivna svojstva, koja teoretski doprinose bržem rastu i jačem koštanom presađivanju.
Dugi niz godina, koštani autotransplantat bio je najčešći tip koštanog transplantata. Zahvati autotransplantata imaju nekoliko nedostataka u odnosu na sintetičku kost. Prvo, dostupna je samo ograničena količina donorske kosti. Također, nakon što se transplantacija obavi, postoji opasnost od boli, koja može biti kronična, na mjestu davatelja.
Presađivanje kosti je uobičajeno u oralnoj kirurgiji kako bi se nadomjestila kost izgubljena zbog karijesa ili tijekom vađenja zuba. Zamjena kosti koja nedostaje stvara temelj za zubne implantate. Unatoč nedostacima, postupci autotransplantata imaju najveću stopu uspješnosti kod ovih vrsta transplantata. Donatorska kost se uzima iz usta za ovu vrstu oralne kirurgije ili iz kosti kuka ako uzimanje kosti iz usta nije preporučljivo.
Kostni nadomjestak za alograft vadi se iz leševa, što omogućuje prirodnu alternativu autotransplantatu bez problema povezanih s uzimanjem pacijentove vlastite kosti. Ova opcija također zahtijeva samo jednu operaciju na pacijentu, a ne operaciju za uklanjanje kosti i drugu za njezino presađivanje. Nažalost, kost alografta ne raste jednako dobro kao autotransplantati koštani transplantati i stopa neuspjeha je prilično visoka, osobito kod presađivanja kostiju kralježnične fuzije.