Jedno od najranijih cjepiva koje liječnici preporučuju za dojenčad je ono protiv rotavirusa. Rotavirus je najčešći uzrok teškog proljeva u dojenčadi i djece, a gotovo sva djeca će se zaraziti do pete godine života. Dehidracija i neravnoteža elektrolita uzrokovana rotavirusom mogu biti najproblematičniji kod vrlo mladih, međutim, te se preporučuje da se cjepivo protiv rotavirusa daje počevši od šest do dvanaest tjedana starosti. Zatim se daju još dvije doze u razmacima od otprilike osam tjedana. Cjepivo protiv rotavirusa ne smije se dati prije šest tjedana starosti ili nakon 32 tjedna starosti.
Centri za kontrolu bolesti (CDC) navode da rotavirus uzrokuje 20 do 60 smrtnih slučajeva godišnje u Sjedinjenim Državama i 500,000 smrtnih slučajeva diljem svijeta. Zapanjujuća razlika u broju smrtnih slučajeva uglavnom je posljedica nehigijenskih uvjeta, nedostatka dostupne rutinske medicinske skrbi i oskudnih sredstava za liječenje dehidracije u nerazvijenim zemljama.
Trajanje imuniteta koje osigurava cjepivo protiv rotavirusa nije poznato. Vjeruje se da traje najmanje dvije sezone rotavirusa – pri čemu se virus najčešće zarazi tijekom hladnog vremena – iako stručnjaci primjećuju da je učinkovitost cjepiva niža tijekom druge sezone nego tijekom prve. Nakon što se daju sve tri doze, procjenjuje se da je učinkovitost cjepiva protiv rotavirusa 74% protiv bilo koje infekcije rotavirusom i 98% protiv teške infekcije.
Prvo cjepivo protiv rotavirusa, Rotashield, licencirano je u kolovozu 1998., ali je sljedeće godine povučeno zbog povezanosti između cjepiva i intususcepcije, odnosno opstrukcije crijeva, kod dojenčadi koja su primila cjepivo. RotaTeq je kasnije licenciran 2006. i, iako izvješća o invaginaciji ne premašuju CDC-ovu očekivanu količinu, ovo cjepivo protiv rotavirusa također je označeno upozorenjem da treba paziti na znakove opstrukcije crijeva. Nema podataka o sigurnosti za ovo cjepivo za dojenčad s oslabljenim imunološkim sustavom ili s poviješću gastrointestinalnih poremećaja.
Češće nuspojave cjepiva protiv rotavirusa uključuju proljev i povraćanje, koje pogađaju do 24% cijepljene dojenčadi. Također je utvrđeno da se virus izlučuje stolicom do 8.9% cijepljene dojenčadi i djece, a može se nastaviti izlučivati i do petnaest dana. Budući da rotavirus ulazi u tijelo kroz usta i širi se fekalno-oralnim kontaktom, njegovatelji bi trebali posebno pažljivo prati ruke kada se brinu za dijete koje je primilo cjepivo protiv rotavirusa kako bi spriječili širenje rotavirusa na druge.
Može se tvrditi da cjepivo protiv rotavirusa često proizvodi upravo učinak od kojeg je namijenjeno zaštiti dojenčadi. Zapravo, dojenčad mlađa od tri mjeseca rijetko su zaražena rotavirusom, zbog pasivnih majčinih antitijela i, ako je primjenjivo, antitijela primljenih kroz majčino mlijeko. Ova će djeca ipak biti izložena živom rotavirusu tijekom ovog razdoblja prirodnog imuniteta ako se cjepivo primi prema rasporedu. Nadalje, dijete će vjerojatno kasnije doživjeti infekciju rotavirusom, nakon što učinkovitost cjepiva oslabi. Nakon prve infekcije rotavirusom, 88% djece postaje imuno na teške simptome, a imunitet samo jača sa svakom (obično bez simptoma) sljedećom infekcijom.
Druge zabrinutosti mogu proizaći iz izjave proizvođača Merck Vaccine Division da “RotaTeq nije procijenjen zbog svog kancerogenog ili mutagenog potencijala ili potencijala da naruši plodnost.” Merck također navodi da “odnos između odgovora antitijela na RotaTeq protiv rotavirusnog gastroenteritisa nije utvrđen.” Drugim riječima, nisu dokazali vezu između svog cjepiva i imuniteta na virus.
Rotavirus se liječi mirovanjem, tekućinom i blagom prehranom dok dijete ne prestane povraćati. U teškim slučajevima može biti potrebna IV kako bi se spriječila dehidracija. Budući da je ovaj virus rijetko smrtonosan u razvijenim zemljama i da se može spriječiti pravilnim pranjem ruku, roditelji i skrbnici mogu zastati kako bi razmotrili rizike u odnosu na prednosti cjepiva protiv rotavirusa prije nego da daju svoj pristanak. Kao i kod svakog cjepiva, rizik od nuspojava može se smanjiti ako se odluči da se primjenjuje odvojeno od bilo kojeg drugog cjepiva.