Liječenje hipertrofije desne klijetke razlikuje se od bolesnika do bolesnika i ovisi o temeljnim uzrocima ovog stanja. Lijekovi na recept kao što su ACE inhibitori, beta-blokatori i diuretici mogu se koristiti za liječenje nekih simptoma povezanih s ovim poremećajem. Za regulaciju otkucaja srca mogu se koristiti uređaji za implantaciju kao što su elektrostimulator srca ili defibrilator. U težim situacijama može biti potrebna kirurška intervencija ili čak transplantacija srca kako bi se stanje uspješno liječilo. Budući da ne postoji standardizirano liječenje za ovo stanje, o svim pitanjima ili nedoumicama u vezi s liječenjem hipertrofije desne klijetke u pojedinačnoj situaciji treba razgovarati s liječnikom ili drugim medicinskim stručnjakom.
Lijekovi na recept mogu se koristiti za liječenje specifičnih stanja povezanih s hipertrofijom desne klijetke. Neka od ovih stanja uključuju bronhitis, krvne ugruške u plućima i visoki krvni tlak. Diuretici se mogu koristiti za uklanjanje viška tekućine iz tijela, a ACE inhibitori ili beta blokatori se obično propisuju kako bi pomogli u kontroli razine krvnog tlaka. Dodatni lijekovi mogu se koristiti prema potrebi za liječenje pojedinačnih simptoma kako se razvijaju.
Nekim pacijentima kojima je dijagnosticirano ovo stanje može biti potreban elektrostimulator srca ili implantabilni defibrilator. Svaki od ovih uređaja zahtijeva operaciju, iako se zahvati obično smatraju minimalno invazivnim i ne uključuju dugo razdoblje oporavka. I pacemaker i defibrilator služe za regulaciju srčanih ritmova, a kirurg će odlučiti koji od uređaja je najprikladniji za određenu situaciju.
Operacija na otvorenom srcu može se koristiti kao metoda liječenja hipertrofije desne klijetke ako postoji ozbiljno oštećenje srca ili ako manje invazivne metode liječenja nisu bile uspješne. Ova vrsta kirurškog zahvata može se koristiti za popravak srčanih zalistaka, uklanjanje blokada ili liječenje bilo kakvog oštećenja srca ili okolnih struktura. Postoje značajni rizici povezani s operacijom na otvorenom srcu, pa se prije odabira ove metode istražuju druge mogućnosti.
Transplantacija srca koristi se kao krajnja mjera liječenja za osobe s hipertrofijom desne klijetke i koristi se samo kada je oštećenje srca postalo toliko ozbiljno da se život pacijenta više ne može podupirati. Aparat srce-pluća može se koristiti ograničeno vrijeme dok donorsko srce ne postane dostupno. Nakon transplantacije, lijekove je potrebno uzimati svakodnevno do kraja života kako bi se smanjile šanse za odbacivanje organa.