Mnogi su ljudi zainteresirani za naturopatske lijekove za različite medicinske probleme, posebno u slučajevima kada tradicionalna medicina možda nije bila učinkovita. Postoji niz prednosti i nedostataka pokušaja naturopatskog liječenja, međutim, koje je vrlo važno imati na umu. Najveći nedostatak je to što određeni alternativni tretmani možda neće biti učinkoviti, pa čak dugoročno mogu donijeti više štete nego koristi; također može natjerati ljude da lažno vjeruju da će se izliječiti i prestati uzimati propisane lijekove ili posjećivati liječnika. Neki od prednosti naturopatske medicine, međutim, uključuju da ima malo nuspojava, ako ih uopće ima, te da promiče sveukupni zdraviji način života, posebno kada se kombinira s drugim standardnim tretmanima i liječničkim nadzorom.
U mnogim slučajevima, liječnici će preporučiti pokušaje naturopatskih lijekova uz, a ne umjesto tradicionalne medicine. Na taj način liječnik može utvrditi može li bilo koji od prirodnih tretmana potencijalno utjecati na druge lijekove ili zdravstvena stanja, te može nastaviti pratiti napredak. Čak i ako je naturopatski lijek “prirodan”, to ne znači automatski da ne može stupiti u interakciju s drugim lijekovima koje osoba uzima. To bi zapravo moglo nanijeti štetu i pogoršati određena stanja. Pokušaji naturopatskih izlječenja pod vodstvom liječnika također osiguravaju da će pojedinac nastaviti uzimati svoje propisane lijekove i pohađati zakazane posjete liječniku; to je zato što čak i ako alternativne terapije nisu aktivno štetne, neke jednostavno mogu biti neučinkovite.
Naravno, postoji mnogo potencijalnih prednosti za naturopatske lijekove. Prvi je da mnoge alternativne terapije promiču cjelokupno zdravlje i smanjenje stresa. Na primjer, uravnotežena prehrana, prakticiranje joge i bavljenje akupunkturom mogu biti samo općenito korisni, potencijalno čak i spriječiti buduće zdravstvene probleme. Osim toga, naturopatska izlječenja potiču pacijenta da preuzme aktivnu ulogu u razumijevanju temeljnog uzroka njegove ili njezine bolesti i poduzima mjere za liječenje i prevenciju. Umjesto da liječi samo simptome, naturopatija ima za cilj liječenje cijelog tijela, a neki stručnjaci vjeruju da ovaj pristup može igrati aktivnu ulogu u borbi protiv bolesti.
Naturopatski lijekovi često imaju nižu cijenu od tradicionalne medicine, pa ih je lakše uključiti u proračun ili način života. S druge strane, međutim, vrlo je teško pronaći zdravstvenog osiguravatelja koji će platiti alternativne medicinske terapije, pa bi to moglo postati i dodatno skupo ovisno o planu liječenja. Mnogima je ljudima, međutim, vrijedno snositi te troškove kako bi nadopunili svoju medicinsku skrb i liječili svoje bolesti korištenjem višestrukog pristupa.