Najčešće reakcije na amoksicilin obično su uzrokovane alergijama. Manja količina ljudi može iskusiti nealergijski osip koji se obično javlja nekoliko dana nakon uzimanja amoksicilina. Alergijske reakcije mogu varirati od blagih do teških slučajeva svrbeža, mučnine i povraćanja, a obično se preporuča javiti se liječniku čim se uoče. Neki pacijenti su također prijavili druge reakcije, uključujući mentalne promjene, anksioznost i nesanicu. U slučajevima kada se proguta predoziranje amoksicilinom, uobičajene reakcije mogu započeti letargijom i potencijalno završiti zatajenjem bubrežnog sustava.
Neki ljudi su alergični na beta-laktamske antibiotike poput amoksicilina, pa se može preporučiti pažljivo praćenje prisutnosti potencijalnih nuspojava kada prvi put uzimaju jedan od ovih lijekova. Kada se pojave alergijske reakcije na amoksicilin, obično počinju osjećajem svrbeža. Svrab može biti lokaliziran na vrhovima prstiju i prepona, iako će se obično brzo širiti na druga mjesta. Svrab može biti popraćen i osipom.
Daljnje reakcije na amoksicilin obično će biti u obliku mučnine i mogu dovesti do povraćanja ili proljeva. Može se razviti i groznica, iako se to možda neće primijetiti ako je bolest koju je amoksicilin trebao liječiti već uključivala groznicu. Sve ove uobičajene reakcije na amoksicilin mogu vrlo brzo postati ozbiljne, a i povraćanje i proljev mogu dovesti do dehidracije. Možda bi bilo pametno potražiti liječničku pomoć pri prvoj pojavi simptoma.
U manjem broju slučajeva može se pojaviti i nealergijski osip. Iako će ti osipi često vrlo nalikovati alergijskim reakcijama, medicinski stručnjak obično će moći uočiti razliku. Ovi osipi obično svrbe i obično se javljaju oko tri dana nakon prve uzimanja amoksicilina. Oni s mononukleozom uzrokovanom Epstein-Barr virusom mogu imati daleko veću vjerojatnost da će doživjeti ovu vrstu nealergijske reakcije na amoksicilin od drugih.
Bez obzira na vrstu ili težinu nuspojave, kontaktiranje liječnika je obično najbolji način rješavanja reakcija na amoksicilin. Ako je riječ o alergijskoj reakciji, simptomi se mogu razviti vrlo brzo i postati ozbiljni i potencijalno čak i opasni po život. U slučajevima kada se pojave ovakve reakcije, beta-laktamski antibiotici poput amoksicilina obično će se izbjegavati u liječenju budućih bolesti. Međutim, nealergijski amoksicilinski osip neće spriječiti daljnje propisivanje ove klase lijekova.