Tretmani amoksicilinom koriste se za borbu protiv brojnih različitih bakterijskih infekcija. U nekim slučajevima ti tretmani mogu izliječiti aktivnu infekciju, dok u drugima mogu spriječiti infekciju. Točna vrsta liječenja ovisi o specifičnim okolnostima pacijenta koji se liječi. Neki tretmani amoksicilinom mogu se primijeniti kroz nekoliko različitih metoda oralne primjene. Drugi se daju intravenozno.
Svi tretmani amoksicilinom osmišljeni su za borbu protiv neke vrste bakterijske infekcije. U nekim slučajevima, ovi tretmani su namijenjeni borbi protiv aktivnih infekcija. Streptokok u grlu često se liječi tečajem amoksicilina. Mnoge spolno prenosive infekcije dobro reagiraju na liječenje amoksicilinom, a lijek se također često koristi u liječenju infekcija mokraćnog sustava.
Drugi tretmani amoksicilinom osmišljeni su za sprječavanje ili kontrolu infekcije, a ne za uklanjanje aktivne bakterijske infekcije. Amoksicilin se obično koristi za povećanje otpornosti na infekcije ljudi čiji je imunološki sustav oštećen, posebno osoba kojima nedostaje slezena. Akne, koje su općenito uzrokovane bakterijama, mogu se liječiti i u velikoj mjeri spriječiti u mnogih pacijenata korištenjem antibiotika, a amoksicilin je jedan od uobičajenih izbora za ovu vrstu liječenja.
Najčešći način isporuke za liječenje amoksicilinom je niz tableta amoksicilina s vremenskim otpuštanjem. Ove pilule osiguravaju da razina antibiotika prisutna u krvotoku ostaje relativno konstantna, što osigurava da se bakterijske populacije nikada ne mogu oporaviti. Neophodan je pažljiv razmak doza kako bi se osiguralo da lijek ostane iznad određene minimalne koncentracije u tijelu, a razmak doza koji je propisao ljekarnik treba se točno pridržavati, čak i ako to podrazumijeva ustajanje usred noći za uzimanje tableta.
Još jedna od mogućnosti oralne primjene za liječenje amoksicilinom osmišljena je kako bi se olakšala uporaba lijeka u djece. Za isporuku ovog lijeka ponekad se koriste tablete amoksicilina za žvakanje. Često se djeci daje amoksicilin u obliku tekućeg lijeka. Uz tekućinu amoksicilina, ovaj lijek se može kombinirati s nekoliko različitih sirupa okusa. Oni imaju za cilj učiniti lijek ugodnijim za djecu kako bi se osigurala bolja usklađenost s programom liječenja od droga.
U nekim slučajevima, amoksicilin se može primijeniti intravenski. Ova vrsta liječenja je najčešća u bolničkim uvjetima. Također se može koristiti kada se liječenje amoksicilinom propisuje pacijentima, poput onih koji su bez svijesti, koji ne mogu slijediti druge vrste programa liječenja, ali koji pate od stanja koja zahtijevaju liječenje amoksicilinom.