Kada se ne liječi, krvni ugrušak u koljenu može biti prilično ozbiljan. Zapravo, u nekim slučajevima može biti čak i opasno po život. Na sreću, tretmani krvnih ugrušaka u koljenu obično su prilično uspješni. Jedan od najčešćih oblika liječenja je uporaba određenih lijekova protiv zgrušavanja krvi. Osim toga, za one s ozbiljnijim krvnim ugrušcima može biti potrebna uporaba trombolize ili čak operacije. Međutim, ovi postupci nose veliki rizik i stoga se ne razmatraju za sve pacijente.
Korištenje raznih različitih antikoagulansa jedan je od najčešćih oblika liječenja krvnog ugruška u koljenu. Neki antikoagulansi za koje je utvrđeno da su najuspješniji u liječenju ovog stanja uključuju heparin i varfarin. U većini slučajeva, ovi lijekovi se moraju uzimati u razdoblju od tri mjeseca do jedne godine, ovisno o ozbiljnosti krvnog ugruška u koljenu. Bolesnici se za to vrijeme obično drže pod strogim liječničkim nadzorom, kako bi se spriječilo daljnje pogoršanje stanja.
Tromboliza je vrsta liječenja koja se može koristiti za liječenje krvnog ugruška u koljenu. Vrsta ubrizganog lijeka, tromboliza, obično se koristi u težim slučajevima krvnih ugrušaka kada je razrjeđivanje ugruška bitno. Oni koji primaju injekciju trombolize i dalje često moraju uzimati heparin i varfarin dulje vrijeme, kako bi spriječili stvaranje ugrušaka u budućnosti. Međutim, injekcije trombolize možda nisu mogući oblik liječenja za sve pacijente. Posebno je problematično za one koji su vrlo mladi ili stari ili koji pate od oslabljenog imunološkog sustava.
U najtežim slučajevima, krvni ugrušak u koljenu može zahtijevati operaciju. To se obično uzima u obzir samo za najozbiljnije oblike krvnih ugrušaka koljena, poput onih koji odbijaju reagirati na druge metode, koji su vrlo veliki ili pokazuju znakove kretanja u tijelu. Najčešći oblik operacije za one s krvnim ugruškom u koljenu je implantacija filtera vene cava. U većini slučajeva ovaj se filtar ugrađuje u abdomen. Ugradnja jednog od ovih uređaja smanjuje šanse da bi krvni ugrušak mogao doći do srca ili pluća. Kao i kod trombolize, ovaj zahvat ima niz rizika, pa se stoga ne provodi kod svih pacijenata koji pate od tog stanja.