Nuspojave cefaleksina obično su blage i ne predstavljaju značajne zdravstvene rizike, iako sve nove ili dosadne simptome koji se pojave nakon početka liječenja ovim antibiotikom treba prijaviti liječniku radi daljnje procjene. Neke od najčešće prijavljenih nuspojava cefaleksina uključuju glavobolje, vrtoglavicu i gastrointestinalne smetnje. Ozbiljnije nuspojave koje treba odmah prijaviti liječniku uključuju gljivične infekcije, krvavu stolicu i alergijske reakcije. Moguće su dodatne nuspojave, pa se o svim specifičnim pitanjima ili nedoumicama treba raspraviti s liječnikom ili drugim medicinskim stručnjakom.
Blaga do umjerena glavobolja je među najčešćim prijavljenim nuspojavama, a lijekovi protiv bolova koji se mogu kupiti bez recepta često daju dovoljne rezultate. U nekim situacijama mogu se propisati lijekovi protiv bolova na recept, iako je uobičajenije da nadzorni liječnik pokuša prilagoditi dozu ili promijeniti lijek. Razvoj iznenadne ili jake glavobolje treba procijeniti u najbližoj medicinskoj ustanovi kako bi se isključile ozbiljne komplikacije kao što su moždani udar ili aneurizma.
Tijekom liječenja cefaleksinom može se pojaviti vrtoglavica, stoga je potreban oprez pri obavljanju zadataka koji zahtijevaju fokus ili koncentraciju. Probavni problemi kao što su mučnina, povraćanje i proljev često se navode kao nuspojave cefaleksina. Uzimanje lijeka s hranom ili mlijekom može pomoći u smanjenju nekih od ovih simptoma. Bol u trbuhu, povišenu temperaturu i krv u stolici treba odmah prijaviti liječniku kako bi se uvjerio da nema značajnih oštećenja gastrointestinalnog trakta.
Zabilježene su gljivične infekcije kao moguće nuspojave cefaleksina. Vaginalne gljivične infekcije mogu se prenijeti spolnim kontaktom, stoga treba koristiti zaštitu kako bi se izbjeglo zaraza spolnim partnerima. Simptomi vaginalne gljivične infekcije često uključuju bol tijekom mokrenja ili seksualne aktivnosti, svrbež i vaginalni iscjedak koji podsjeća na svježi sir. Drozd je vrsta gljivične infekcije koja zahvaća usta i uzrokuje simptome kao što su bol, bijele mrlje i otežano gutanje.
Tijekom uzimanja ovog antibiotika mogu se pojaviti alergijske reakcije, čak i ako se lijek u prošlosti dobro podnosio. Osip, svrbež ili oticanje ruku ili stopala treba prijaviti liječniku, a antihistaminik koji se može kupiti bez recepta može pomoći u smanjenju ozbiljnosti ovih simptoma. Potencijalno smrtonosna vrsta alergijske reakcije poznata kao anafilaksija zahtijeva hitnu medicinsku pomoć. Anafilaktički simptomi mogu uključivati vrtoglavicu, oticanje lica i otežano disanje. O svim mogućim nuspojavama cefaleksina treba razgovarati s medicinskim stručnjakom kako bi se mogao razviti individualizirani plan liječenja.