Uzimanje doksiciklina za akne može biti učinkovit način eliminacije ili smanjenja izbijanja, ali kao i svi antibiotici, može imati neke neželjene nuspojave. Kao opće pravilo, zdravstveni radnici će prije propisivanja oralnih antibiotika predložiti lijekove bez recepta i lokalne tretmane za akne. To je zato što doksiciklin, kao i svi antibiotici, nosi sa sobom rizik od određenih nuspojava, uključujući gljivične infekcije kod žena, probavne probleme i, poput mnogih antibiotika, povećanu otpornost na neke bakterije, što otežava liječenje bilo koje buduće bakterijske infekcije pacijent može razviti.
Ako pacijent pati od izbijanja akni koje ne reagiraju dobro na tretmane bez recepta, liječnik može propisati lijekove protiv akni. Doksiciklin je oralni antibiotik koji može smanjiti upalu kože i prištiće te može biti vrlo učinkovit u liječenju tvrdokornih akni. Njegova glavna prednost je njegova učinkovitost i činjenica da ponekad može očistiti izbijanje čak i kada se propisuje u malim dozama.
Doksiciklin može uzrokovati nuspojave koje su obično povezane s drugim antibioticima. To uključuje mučninu, gljivične infekcije, kao i osjetljivost na sunce. Dobra je ideja primijeniti dodatnu zaštitu od sunca dok uzimate doksiciklin protiv akni, jer postoji mogućnost razvoja osipa kao posljedica izlaganja suncu. Krema za sunčanje može pomoći, kao i fizičko blokiranje sunca s odjećom, kapama i prijenosnim skloništima. Kada im se ponudi mogućnost uzimanja doksiciklina, pacijenti bi trebali razgovarati sa svojim liječnicima o mogućnosti da bi mogli razviti sojeve bakterija otpornih na antibiotike, što bi u budućnosti moglo imati značajne zdravstvene posljedice.
Žene u reproduktivnoj dobi trebaju biti posebno oprezne pri uzimanju doksiciklina protiv akni, a ako žena vjeruje da bi mogla biti trudna, trebala bi razgovarati sa svojim liječnikom o svojoj zabrinutosti. To je zato što doksiciklin može uzrokovati urođene mane ako ga uzima trudnica . Što je još gore, lijek također može utjecati na učinkovitost kontracepcijskih pilula, pa žene koje koriste doksiciklin za akne kao i oralne kontraceptive trebaju koristiti rezervnu metodu kontrole rađanja tijekom i najmanje sedam dana nakon liječenja doksiciklinom. Također je dobro razgovarati sa svojim liječnikom o mogućnosti interakcije između antibiotika i kontracepcijskih pilula, jer liječnik može promijeniti svoj recept za lijek ili dati dodatne upute za njegovu uporabu.