Moguće su različite komplikacije intubacije. Ako je pacijentima potrebna hitna pomoć u disanju, obično se intubiraju tako da se cijev za disanje umetne u usta, koja se zatim vodi u dušnik; ova cijev se često naziva endotrahealna cijev. Nakon intubacije, ventilator može pumpati zrak u pluća i iz njih. Komplikacije intubacije mogu nastati iz procesa umetanja, jer cijev može oštetiti respiratorni ili gastrointestinalni trakt. Pacijenti koji su intubirani imaju povećan rizik od infekcija kao što su upala pluća i sinusitis, a dugotrajna potpora disanju endotrahealnom cijevi može rezultirati oštećenjem respiratornog trakta, otežavajući buduće disanje.
Samo umetanje cijevi povremeno može naštetiti pacijentu koji je podvrgnut ovom zahvatu. Rijetko, cijev može oštetiti glasnice, što dovodi do problema s govorom nakon što se pacijent ukloni s ventilatora. U drugim slučajevima, cijev bi mogla proći u jednjak umjesto u dušnik, što bi dovelo do suza u jednjaku. To može dovesti do krvarenja u gastrointestinalnom traktu, a također može uzrokovati probleme s gutanjem nakon uklanjanja cijevi za disanje.
S vremenom i uz nepravilnu njegu intubiranih pacijenata može doći do infekcije pluća koja se zove upala pluća. Često se ovo stanje, koje je jedna od komplikacija intubacije, naziva pneumonija povezana s ventilatorom. Ova vrsta infekcije se razvija jer su pluća intubiranih pacijenata manje zaštićena u usporedbi s ljudima koji normalno dišu jer se zrak upumpava izravno u pluća. Mnogo je puta ove infekcije teško liječiti jer su uzrokovane otpornim bakterijama prisutnim u bolnici.
Još jedna od zaraznih komplikacija intubacije je sinusitis, stanje koje karakterizira upala i iritacija sinusa. Ova nuspojava nastaje jer je drenaža sinusne šupljine često poremećena prisutnošću endotrahealne cijevi. Pacijenti mogu, ali i ne moraju imati simptome ove infekcije. Međutim, to je klinički važno jer infekcija sinusnih šupljina može uzrokovati groznicu. Slikovne studije kao što je kompjuterska tomografija (CT) provode se kako bi se identificirao sinusitis.
Pacijenti koji moraju ostati na respiratoru dulje vrijeme mogu doživjeti druge komplikacije intubacije. Prisutnost plastične cijevi od usta do pluća može oštetiti hrskavicu koja podupire dišni trakt, smanjujući njezin strukturni integritet. Različiti dijelovi respiratornog trakta, uključujući dušnik, mogu se suziti zbog prisutnosti cijevi. Kao rezultat toga, pacijenti mogu razviti piskanje i otežano disanje. Zbog toga se pacijenti za koje se očekuje da će trebati pomoć pri disanju dulje od tjedan dana često prelaze s intubacije kroz usta na intubiranje kroz dušnik.