Postoji nekoliko mogućih uzroka čira na penisu, od kojih svaki ima svoje specifične mogućnosti liječenja. Općenito, čirevi na kožnom tkivu liječe se kombinacijom antibiotika, protuupalnih lijekova i lijekova protiv bolova. Područja s ulceracijom treba održavati vlažnima kako bi se potaknulo pravilno zacjeljivanje. Kako bi se zajamčilo učinkovito dugoročno olakšanje, temeljni uzrok ulceracije mora se posebno riješiti; ako je ulkus posljedica sifilisa, na primjer, pacijentu treba dati intramuskularne doze penicilina-G. Isti princip liječenja slijedi i za druge uzroke ulkusa penisa, uključujući rak, chancroid i herpes.
Neophodno je da pacijent čuva čir na penisu od infekcije, jer bi to moglo dovesti do ozbiljnih zdravstvenih komplikacija. Medicinski stručnjaci često preporučuju upotrebu lokalnih antibiotika kako bi se spriječili potencijalno štetni mikroorganizmi, osim ako pacijent ne pokaže nuspojave na lijek. U nekim slučajevima uporaba antibiotika može pridonijeti nastanku ulceracije, zbog čega je testiranje prije liječenja važno razmatranje. U slučaju da se antibiotici ne mogu koristiti, moguća su, iako neugodnija, alternativa lokalni antiseptici.
Ulkus može razviti malo otekline, što povećava nelagodu pacijenta i komplicira liječenje. Medicinski stručnjaci preporučuju korištenje oralnih ili lokalnih antihistaminika za kontrolu upale. Ako liječenje nije u mogućnosti učinkovito smanjiti oticanje, pacijenti se mogu odlučiti isprobati snažnije kortikosteroide kako bi riješili problem. I antibiotici i protuupalni lijekovi mogu se koristiti zajedno s lijekovima protiv bolova kako bi se smanjila nelagoda koju doživljavaju pacijenti s ulceriranim penisima.
Osim ovih općih tretmana, pacijenti bi se trebali testirati i liječiti od svih zdravstvenih stanja koja su mogla pridonijeti nastanku čira na penisu. Ulkus na penisu može nastati kao posljedica niza spolno prenosivih bolesti, zbog čega je potrebno da pacijent riješi infekciju korijena. Herpes se može liječiti antivirusnim lijekovima kao što su aciklovir i penciklovir, značajno smanjujući vjerojatnost daljnjeg razvoja ulkusa. Infekcije šankroida, s druge strane, mogu se eliminirati antibiotskim lijekovima poput azitromicina i eritromicina.
Rak penisa također može rezultirati ulceracijom. Tumori nastali u području genitalija mogu ulcerirati, a okolna koža često postaje čvrsta. Dostupno je nekoliko mogućnosti liječenja za takve slučajeve, uključujući kemoterapiju, terapiju zračenjem i kirurško uklanjanje tumora. Stope uspjeha obično variraju od pacijenta do pacijenta, što otežava liječnicima jamčiti dugotrajno olakšanje. Liječenje će, međutim, učiniti rak lakšim za upravljanje i obično smanjuje stopu razvoja čira.