Iako su i loratadin i cetirizin vrste antihistaminika, svaki je različit kemijski spoj koji liječi simptome alergija na različite načine. Oba ova lijeka daju se za iste vrste alergija, a oba su učinkovita protiv kihanja, svrbeža u nosu i suzenja očiju, a neučinkovita su protiv simptoma kao što su koprivnjača i sistemske alergijske reakcije. Unatoč sličnosti u djelovanju ovih lijekova, njihov je kemijski sastav različit i kao rezultat imaju različite učinke na pacijente koji ih uzimaju.
Molekularno, te su tvari strukturirane na različite načine. Loratadin se sastoji od 22 atoma ugljika, 23 atoma vodika, dva atoma dušika, dva atoma kisika i atoma klora. Ti su atomi raspoređeni u molekulu koja ima niz različitih grana. Cetirizin se sastoji od 21 atoma ugljika, 25 atoma vodika, tri atoma kisika, dva atoma dušika i jednog atoma klora koji su raspoređeni u dugi lanac i povezani s dvije molekule hidroklorida. Iako su građevni blokovi slični, raspored ovih molekula omogućuje im da se bore protiv simptoma alergije na različite načine.
Jedna od glavnih razlika između loratadina i cetirizina su vrste nuspojava koje pacijenti mogu osjetiti kada ih uzimaju. Dok se primjenom oba ova lijeka javljaju suha usta i gastrointestinalna nelagoda, poznato je da loratadin uzrokuje glavobolje, rane u ustima, nervozu i nemir. Cetirizin, s druge strane, može uzrokovati pospanost koja može biti teška u nekih bolesnika. Također je moguće da pacijenti koji uzimaju cetirizin iskuse poteškoće s disanjem, nuspojavu koja se obično ne viđa u bolesnika koji uzimaju loratadin osim ako pacijent ne ulazi u anafilaksiju.
Druga razlika između loratadina i cetirizina je način na koji se svaki lijek može primijeniti. Odrasli obično dobivaju dozu od 10 miligrama jednom dnevno bilo kojeg od ovih lijekova, dok se djeci starijoj od dvije godine često daje polovica te količine. Ne postoji utvrđena doza loratadina za djecu mlađu od dvije godine, dok djeca u dobi od šest mjeseci do dvije godine mogu sigurno uzimati 2.5 miligrama cetirizina.
Dugoročni učinci visokih doza loratadina i cetirizina također su različiti. U laboratorijskim testovima cetirizin nije povećao rizik od raka niti smanjio plodnost, čak ni kada se davao u dozama znatno iznad preporučene maksimalne doze. Međutim, iznimno visoke doze loratadina dovele su do povećanog rizika od raka, kao i do smanjenja muške plodnosti.