Liječenje ciste gušterače često ne uključuje nikakvo liječenje. Male, benigne ciste i pseudociste često se povlače same od sebe, pa je budno čekanje često dovoljno, iako će možda trebati razmotriti daljnje liječenje ako uzrokuju nelagodu ili druge simptome. Ako se ne izliječe bez liječenja, liječnik bi ih trebao pratiti kako bi vidio nastavljaju li rasti ili pokazuju li znakove prelaska u karcinom, u kojem slučaju može biti potrebna biopsija. Velike ciste, ili one koje s vremenom rastu i koje uzrokuju probleme pacijentu, možda će se trebati drenirati iglom. Oni također mogu zahtijevati kirurško uklanjanje, osobito ako postoje znakovi da bi se mogli pretvoriti u rak.
Za mnoge pacijente, cista gušterače – koja možda nije prava cista već pseudocista kojoj nedostaju specijalizirane stanice koje izlučuju tekućinu u prostor koji zauzimaju – će nestati bez liječenja. Mnogi liječnici radije koriste metodu zvanu budno čekanje, gdje se ne liječi, a cista se prati radi promjena. Često će se benigna cista riješiti unutar šest tjedana i nije potrebna nikakva intervencija.
Cista gušterače koja perzistira nakon normalnog razdoblja budnog čekanja možda još uvijek ne zahtijeva liječenje, ali obično zahtijeva praćenje. Ciste u gušterači mogu s vremenom narasti, a kada postanu veće od 2 centimetra mogu uzrokovati bolove u leđima ili trbuhu, žuticu ili se čak inficirati. Oni također mogu postati prekancerozni ili kancerogeni. Liječnik bi trebao redovito provjeravati ciste u tijeku kako bi se uvjerio da ne uzrokuju problem.
Dreniranje je ponekad liječenje velike, simptomatske ciste gušterače, osobito u starijih pacijenata koji možda nisu fizički dovoljno zdravi za operaciju. To se obično radi uvođenjem endoskopa, koji je fleksibilna cijev koja se može opremiti iglom za dreniranje, u usta i dolje do trbuha. Tamo će igla biti umetnuta u cistu kako bi se izvukla tekućina iz nje.
Operacija je često dobra opcija za liječenje ciste gušterače. Mladi, zdravi pacijenti mogu preferirati ovu opciju od dreniranja, jer je to često najučinkovitiji pristup. Također je obično poželjna metoda ako biopsija ukazuje da cista može postati kancerogena. Kada se cista gušterače kirurški odstrani, šanse da se ona vrati su vrlo male.