Postoji niz mogućih tretmana za cistu koljena, a odabrana terapija ovisi o točnom tipu ciste. Cista je vrećica ili vrećica koja može biti ispunjena tekućinom ili gustom tvari. Ciste koljena koje su uzrokovane stanjima kao što su ozljeda, reumatoidni artritis ili giht mogu se liječiti lijekovima, a inficirane ciste često reagiraju na antibiotike. Važno je liječiti sve temeljne uzroke, inače bi se cista mogla ponoviti. Cista koljena koja uzrokuje simptome i ne može se liječiti lijekovima može zahtijevati kirurško uklanjanje.
Većina cista koje nastaju u koljenu razvijaju se iz onoga što je poznato kao burze. Burze su vrećice koje se nalaze u dijelovima zglobova gdje dolazi do trenja. Ako prekomjerna upotreba zglobova dovede do ozljede, te se burze mogu napuniti tekućinom, stvarajući ciste.
Liječenje ove vrste ciste koljena obično je medicinsko, uz kombinaciju mirovanja, kompresijskih zavoja i onoga što se naziva nesteroidnim protuupalnim lijekovima (NSAID). U slučajevima kada postojeća bolest, kao što je giht, uzrokuje da se bursa razvije u cistu koljena, liječenje lijekovima usredotočuje se na temeljno stanje. Ako se cista inficira, liječenje antibioticima možda neće biti u potpunosti učinkovito dok se cista ne drenira aspiracijom iglom, gdje se štrcaljka koristi za izvlačenje sadržaja ciste.
Jedna od najčešćih vrsta cista koljena naziva se poplitealna cista ili Bakerova cista, koja se razvija iz burze na stražnjem dijelu koljenskog zgloba. Obično, Bakerova cista nastaje kada su strukture unutar koljenskog zgloba ozlijeđene, ali se može pojaviti i kod pacijenata s bolestima kao što su osteoartritis i reumatoidni artritis. Mogu se pojaviti simptomi boli i tekućine oko zgloba koljena. Liječenje ove vrste ciste koljena može se provoditi kod kuće, upotrebom kombinacije nesteroidnih protuupalnih lijekova, mirovanja, leda i kompresijskih zavoja. Ako simptomi potraju, liječnik može ubrizgati kortikosteroidne lijekove u koljeno kako bi ublažio oticanje i bol.
Iako se Bakerove ciste obično ne uklanjaju kirurški, operacija može biti potrebna za popravak bilo kakvog oštećenja zgloba koljena koje je moglo uzrokovati nastanak ciste. Dugačak, tanak instrument nazvan artroskop, koji može slikati unutrašnjost zgloba, umeće se u koljeno. To omogućuje kirurgu da otkrije sve ozlijeđene strukture i popravi ih pomoću alata povezanih s artroskopom. Tipično, cista koljena koja se nije razvila iz burze i koja ima simptome koji se ne ublažavaju drugim metodama, najvjerojatnije će zahtijevati kirurško uklanjanje.