Terapija srčanim matičnim stanicama koristi se za zamjenu i popravak oštećenih stanica u krvnim žilama i stijenkama komora i krvnih žila srca. Terapije koje koriste pacijentovo vlastito srčano tkivo stimulirano na stvaranje matičnih stanica u fazi su testiranja i medicinskih studija od 2011. Jedno od glavnih medicinskih područja koja koriste terapiju srčanim matičnim stanicama je popravak oštećenja ljudskog srca uzrokovanih srčanim udarima i degenerativna bolest srca.
Postupak dovršetka terapije srčanim matičnim stanicama počinje uzimanjem male količine tkiva iz srca osobe koja je doživjela srčani udar ili ima oštećenje srčanih stanica zbog bolesti srca. U laboratorijskom okruženju, prikupljeno tkivo se dijeli kako bi se dobile matične stanice, koje se stimuliraju da se umnože u nekoliko milijuna matičnih stanica unutar dva mjeseca od početka procesa. Izrasle matične stanice se zatim vraćaju pacijentu i ubacuju u oštećeno područje srca pomoću balona katetera kako bi se pristupilo komorama organa.
Određene vrste srčanih stanica ciljane su u terapiji matičnim stanicama za koje je poznato da dobro reagiraju na rast u laboratoriju. Stanice kardiomiocita se popravljaju i zamjenjuju u terapiji srčanim matičnim stanicama i važne su jer čine mišić koji pomiče krv iz srčane klijetke. Terapija se također koristi u pokušaju da se poprave stanice koje čine unutarnju sluznicu i stijenke novih krvnih žila. Nakon oštećenja stanica uzrokovanih bolestima srca, matične stanice koje potiču razvoj novih krvnih žila važne su u opskrbi srca krvlju i kisikom.
Pokušaji uvođenja matičnih stanica u oštećeno srce od donatora ili ljudskog embrija pokazali su se neučinkovitima u većini slučajeva od 2011. Upotreba tkiva za uzgoj matičnih stanica koje se kasnije vraćaju izvornom darivatelju pokazala se učinkovitijom u vraćanju induciranog pluripotenta matične stanice u tijelo koje popravljaju oštećena područja srca. Smatra se da je proces terapije srčanim matičnim stanicama učinkovitiji od korištenja stanica koštane srži u pokušaju da se poprave stijenke komora i krvnih žila srca.
Terapija srčanim matičnim stanicama postala je kontroverzna nakon usavršavanja procesa uklanjanja matičnih stanica iz ljudskih embrija. Mogućnost razvoja matičnih stanica iz tkiva konačnog primatelja eliminirala je veliku količinu kontroverzi od 2011., budući da je ovaj novi razvoj uklonio korištenje matičnih stanica ljudskog embrija iz procesa. Medicinska istraživanja terapije matičnim stanicama i dalje su kontroverzna s aktivistima za prava životinja jer laboratorijske životinje imaju srčani udar i srčane bolesti izazvane u njima kako bi replicirale ljudske probleme sa srcem.