Neki članovi znanstveno-istraživačke zajednice predlažu da korištenje terapije matičnim stanicama za autizam uzrokuje normalan ponovni rast moždanih stanica i povećanje protoka kisika u organe. U većini slučajeva u liječenju kognitivnog poremećaja koriste se matične stanice iz pupkovine. Također se smatra da se matične stanice bore protiv nekih mogućih genetskih faktora autizma, kao što su abnormalno stvaranje i upala u stanicama koje utječu na kognitivni razvoj.
Autizam i poremećaji povezani s autizmom, kao što je Aspergerov sindrom, mogu uzrokovati kašnjenje i oštećenje sposobnosti osobe da se druži, komunicira i razvija normalne životne vještine. Čini se da poremećaj utječe na razvoj jezika i može utjecati na individualno razumijevanje i tumačenje društvenih znakova i prihvatljivog društvenog ponašanja. Neki medicinski istraživači i praktičari razvojnih poremećaja vjeruju da se neki od ovih učinaka mogu preokrenuti kroz terapiju matičnim stanicama za autizam. Ova vrsta terapije unosi ljudske matične stanice u pacijentov sustav u nadi da će te stanice uzrokovati da mozak izraste novo, neoštećeno tkivo.
Jedan od vjerojatnih uzroka autizma je abnormalna dioba stanica i rast u dijelovima mozga koji utječu na komunikaciju i razvoj jezika. Kao rezultat toga, oni kojima je dijagnosticiran poremećaj obično se ponašaju na načine koji bi većini društva mogli biti neuobičajeni ili ih je teško protumačiti. Na primjer, tipične rane karakteristike autizma uključuju ekstremno povlačenje i nemogućnost govora i odgovaranja na tipičan način. Dok terapija često može uključivati bihevioralne tehnike, kao što je polagano privikavanje pojedinaca na društvenu interakciju, terapija matičnim stanicama za autizam pokušava koristiti prirodni proces regeneracije tijela za zamjenu abnormalnih stanica kako bi se obnovile neke jezične i kognitivne sposobnosti.
Smatra se da je potrebno vrijeme da isplivaju na vidjelo moguće prednosti terapije matičnim stanicama za autizam, jer terapija uključuje postupni ponovni rast normalnog moždanog tkiva. Umjesto umnožavanja postojećeg genetskog koda ili abnormalnih kvaliteta, ove matične stanice rastu u potpuno funkcionalno tkivo i smatra se da će na kraju zamijeniti oštećene stanice. U liječenju autizma, pokazalo se da matične stanice povećavaju količinu kisika u mozgu, što može stvoriti stabilnije okruženje za razvoj zdravog tkiva.
Iako je terapija matičnim stanicama za autizam pokazala izvjesno obećanje, nije široko utvrđena kao prihvatljiv ili adekvatan tretman za ovaj poremećaj. Pojedinci zahvaćeni autizmom još uvijek se u velikoj mjeri liječe kroz individualizirane obrazovne programe i tečajeve životnih vještina ponašanja, koji se mogu usredotočiti na teme poput kuhanja i osobne higijene. Za osobe s autizmom i srodnim poremećajima, ozbiljnost i prisutni simptomi mogu prilično varirati. Neki su u stanju komunicirati i dobiti posao, dok drugi ne mogu govoriti bez pomoći tehnologije ili alternativnih komunikacijskih metoda.