Terapijsko kloniranje uključuje replikaciju stanica i tjelesnih tkiva za medicinsku upotrebu. Obećavajuće su implikacije kloniranja za tako raznolika stanja kao što su zatajenje organa i neispravna funkcija tkiva, kao i vrijednost cjelokupnog znanstvenog istraživanja. Mnoge istaknute znanstvene i medicinske organizacije stoga podržavaju kloniranje stanica, ali brojni kritičari – znanstveni i drugi – osuđuju tu praksu. Oni tvrde da aktualnosti terapijskog kloniranja ne ispunjavaju obećanja, au nekim slučajevima mogu se pokazati opasnima. Što je još važnije, kažu protivnici, terapijsko kloniranje postavlja neka ozbiljna etička pitanja o životu i smrti.
Embriji mogu proizvesti jedinstvene matične stanice koje se mogu njegovati u bilo koju vrstu stanice ili tkiva organa. Ako pacijent ima oštećeno srce, klonirane stanice mogu se koristiti za stvaranje zdravih stanica srčanog tkiva. Osoba koja pati od teških opeklina mogla bi se liječiti kloniranim stanicama kože umjesto bolnim i nepredvidivim postupcima presađivanja kože. Ako je osoba zahvaćena ozljedom leđne moždine, klonirane živčane stanice mogu jednog dana dopustiti toj osobi da ponovno hoda. Gore navedeno su samo neke od mogućih prednosti koje bi kloniranje moglo pružiti.
Još više nade, potencijal odbacivanja u transplantaciji organa uvelike je smanjen jer bi novoklonirani organi dolazili iz vlastitih stanica oboljele osobe. Napredak u kloniranju ljudi svake se godine umnožava, ali znanstvenici su već postigli određeni uspjeh u kloniranju svinjskog ili drugih životinjskih tkiva u medicinske svrhe. Budući da svinje posjeduju sličan organski sustav kao i ljudi, sisavci su idealni kandidati za temeljna istraživanja, pa čak i za transplantaciju organa.
Zagovornici promiču upotrebu kloniranja u bolničkim uvjetima, ali potencijal za cjelokupno medicinsko istraživanje još je primamljiviji. Razvoj stanica ključna je karika u razumijevanju složenih stanja kao što su urođene mane i rak. Ako klonirane stanice omoguće znanstvenicima bolje razumijevanje normalnog razvoja stanica, tada će također dobiti uvid u uzroke abnormalnog razvoja stanica iza mnogih defekata i karcinoma. Nadalje, klonirane stanice mogle bi omogućiti manipulaciju – i moguću eliminaciju – genetskih bolesti.
Dokazi nekih od vodećih znanstvenika na tom području, međutim, sugeriraju neke ozbiljne nedostatke terapijskog kloniranja. Zapravo, mnoge vježbe medicinskog kloniranja nisu uspješne. Velik broj kloniranih stanica sadrži nedostatke, što u konačnici poništava samu njihovu svrhu kao sredstava iscjeljivanja. Čak i mnogi potpuno klonirani organizmi doživljavaju značajne nedostatke i prerano umiru. Korištenje stanica iz kloniranih organizama može stvoriti lažnu nadu i, moguće, pogrešne tretmane.
Dok su medicinski problemi valjani, vjerojatno najistaknutiji glas neslaganja za kloniranje bilo koje vrste proizlazi iz pojedinaca koji se bave kloniranjem embrija. Baš kao što su pristaše i protivnici pobačaja podijeljeni oko pitanja kada život počinje, isto pitanje potiče strastvenu raspravu oko kloniranja. Kritičari tvrde da se klonirani embriji ne bi trebali koristiti za medicinske pokuse jer su živa bića koja imaju svoja prava. Embrij ima DNK i kompletan genom; ima sve mogućnosti rasta u zreli ljudski fetus.
Potencijalni problemi koje stvaraju terapijsko kloniranje i kloniranje u cjelini mogu se nastaviti dalje. Religiozni pojedinci mogu osjećati da kloniranje ometa stvari stvaranja koje je najbolje prepustiti duhovnim bićima ili prirodi. Ako se potpuno kloniranje ljudi ostvari, rezultirajućim organizmima može se oduzeti individualnost i koristiti kao puki sustav za uzimanje organa za svoje darivatelje. Takva zabrinutost navela je mnoge regije da zabrane praksu kloniranja.