Liječenje kondiloma uključuje lokalne lijekove, niske temperature, električnu struju i lasere s ugljičnim dioksidom. Liječnici se također mogu odlučiti za kirurško uklanjanje. Tijek liječenja obično ovisi o bolesnikovom zdravlju i stanju imunološkog sustava, statusu trudnoće i uspješnosti prethodnih metoda liječenja. Pružatelji zdravstvenih usluga općenito liječe samo pacijente s vidljivim lezijama u nadi da će uklanjanje pomoći imunološkom sustavu u inhibiciji replikacije virusnih stanica.
Početno liječenje obično je primjena lokalnog gela, otopine ili masti na lezije. Neki lijekovi zahtijevaju višestruke dnevne primjene, dok se drugi moraju primjenjivati jednom dnevno tijekom određenog broja dana u tjednu. Ovi pripravci su općenito kaustični i dizajnirani su za uništavanje tkiva lezije. Nuspojave se razlikuju ovisno o vrsti lijeka i kreću se od blagih do teških. Neki lokalni agensi mogu uzrokovati peckanje i svrbež okolnog područja, a druge formulacije mogu bolno ulcerirati kožu.
Kada lokalni lijekovi daju neadekvatne rezultate, a bolesnica je trudna, liječnici često liječe kondilome krioterapijom. Ova vrsta liječenja kondiloma općenito je uspješna na manjim lezijama. Kriosonda koja sadrži tekući dušik primjenjuje se na svaku leziju. Brzo zamrzavanje i naknadno odmrzavanje pucaju stanične stijenke i stvaraju opsežna oštećenja stanica. Upala nakon tretmana također može doprinijeti procesu uništavanja stanica.
Elektrodesikcija ili elektrokirurgija je proces u kojem se električna struja propušta kroz iglu ili malu petlju. Metoda bipolarne igle isporučuje visokofrekventnu generiranu toplinu do točnih mjesta. Bipolarna petlja gori i reže tkivo, a istovremeno zaustavlja krvarenje. Ova vrsta liječenja kondiloma često se koristi za uklanjanje većih genitalnih bradavica. Može se izvoditi ambulantno uz lokalnu anesteziju.
Terapija laserom s ugljičnim dioksidom može se izvesti u lokalnoj ili općoj anesteziji. Liječenjem kondiloma na ovaj način uglavnom se uništavaju lezije, a štede se zdrava koža u okruženju. Pacijenti koji pate od rezistentnih ili opsežnih lezija često imaju koristi od ove vrste liječenja kondiloma. Izvještaji tvrde da čak polovica pacijenata koji primaju laserski tretman u roku od tri godine u potpunosti ostane bez lezija.
Uklanjanje lezija kondiloma kirurško uključuje izrezivanje tkiva iz tijela pomoću skalpela i može se izvesti u lokalnoj ili općoj anesteziji. Ova metoda liječenja kondiloma obično je rezervirana za opsežne ili rezistentne procese bolesti, a nakon uklanjanja lezije mogu biti potrebni šavovi. Studije pokazuju da do 72% pacijenata koji su podvrgnuti kirurškom uklanjanju ostane bez lezija unutar jedne godine.