Liječnici i drugi pružatelji zdravstvenih usluga pozivaju se na niz različitih indikacija za intubaciju kada odlučuju hoće li pružiti pomoć pri disanju. Bolesnici koji nisu u stanju održavati otvorene dišne puteve često se intubiraju kako bi se održala sposobnost zraka da dopre do pluća i da bi se izdahnuti zrak ispustio u okoliš. Još jedan pokazatelj za intubaciju je problem s unosom dovoljno kisika iz udahnutog zraka u krv. Slično, ako pacijenti ne mogu izdati dovoljno ugljičnog dioksida, oni se također intubiraju.
Jedna od čestih indikacija za intubaciju je zaštita dišnih puteva. Neki pacijenti bez kognitivne funkcije potrebne za održavanje dišnih puteva otvorenim mogu dopustiti da se dišni putovi začepe želučanim sadržajem koji je bio povraćan. Zbog toga se intubiraju pacijenti koji su u općoj anesteziji, koji su opijeni brojnim različitim supstancama ili imaju različite moždane poremećaje kako bi se osiguralo da pluća i dalje primaju neprekidan protok zraka. Pacijenti koji bi mogli krvariti u dišni put također se intubiraju kako bi zaštitili dišne putove, jer bi krv koja se nakupila mogla blokirati prolaz zraka.
Još jedna od čestih indikacija za intubaciju je neuspjeh krvi da dobije dovoljno kisika iz pluća. To se može dogoditi kao posljedica niza patoloških procesa, uključujući upalu pluća, plućnu emboliju i bolesti koje uništavaju plućno tkivo. Dok zrak prisutan u okolišu sadrži manje od 30% kisika, ventilator može pumpati plin koji sadrži 100% kisika u intubiranog pacijenta. S većim sadržajem kisika prisutnim u plućima, krv je u stanju pokupiti više kisika za distribuciju ostatku tijela.
Također se smatra da pacijenti imaju jednu od indikacija za intubaciju ako se ne mogu riješiti dovoljno plina ugljičnog dioksida, otpadnog produkta metabolizma koji se obično oslobađa tijekom izdisaja. To se može dogoditi kao posljedica niza različitih stanja, uključujući kroničnu opstruktivnu plućnu bolest (KOPB) i teške napade astme. Također se može pojaviti kao posljedica metaboličkih abnormalnosti koje povećavaju kiselost krvi.
Ponekad se pacijenti koji dobivaju dovoljno kisika nadahnućem i oslobađaju dovoljno ugljičnog dioksida izdisajem još uvijek intubiraju kako bi se dodatno smanjilo oslobađanje ugljičnog dioksida iz tijela. To se smatra jednom od indikacija za intubaciju u bolesnika s povišenim intrakranijalnim tlakom. Povećanjem brzine disanja izbacuje se više ugljičnog dioksida. Rezultirajuća smanjena koncentracija ugljičnog dioksida prisutnog u krvi smanjuje promjer krvnih žila u mozgu, a time i tlak u mozgu.