Interakcije amoksicilina mogu uključivati štetne kombinacije lijekova, kao i sukobe s osnovnim zdravstvenim stanjima. Lijekovi poput metotreksata, drugih antibiotika, kontracepcije i određenih antivirusnih lijekova mogu biti u sukobu s amoksicilinom. Bolesnici s kolitisom i bubrežnim poremećajima možda neće moći sigurno uzimati ovaj lijek ili će im trebati prilagodba doze. Prije nego što ljudi počnu uzimati amoksicilin, mogu razgovarati o svojoj medicinskoj povijesti s liječnikom kako bi utvrdili je li prikladan za njihove potrebe.
Metotreksat, lijek koji se koristi za liječenje raznih stanja uključujući neke vrste raka, može biti u sukobu s amoksicilinom. Oba lijeka se obrađuju kroz bubrege, koji ih možda neće moći podnijeti zajedno. To može dovesti do porasta razine metotreksata u krvi, što može uzrokovati nuspojave. Medicinski stručnjaci mogu preporučiti protiv kombiniranja ova dva lijeka, jer interakcija lijekova može biti značajna. Pacijenti koji već uzimaju metotreksat za liječenje postojećeg zdravstvenog problema mogu razgovarati o mogućnostima i alternativama ako trebaju uzimati antibiotike za infekciju.
Drugi antibiotici također mogu biti u sukobu s amoksicilinom, jer se često obrađuju i kroz bubrege i dva lijeka mogu preopteretiti kapacitet bubrega, uzrokujući povećanu koncentraciju jednog ili više njih. Bolesnicima se također može savjetovati da ne kombiniraju antibiotike jer to može doprinijeti razvoju rezistencije na lijekove. Također je poznato da varfarin, lijek protiv zgrušavanja krvi, uzrokuje interakcije amoksicilina. Mogu se pojaviti česta krvarenja i modrice jer tijelo ne može dovoljno brzo eliminirati varfarin i ometa normalno zgrušavanje.
Entekavir, antivirusni lijek koji se obično koristi za liječenje infekcija hepatitisom B, također je povezan s interakcijama amoksicilina. Hormonska kontrola rađanja može biti manje učinkovita dok pacijentice uzimaju amoksicilin, a za sprječavanje trudnoće preporučuje se rezervna metoda. Važno je nastaviti koristiti tu metodu nekoliko dana nakon završetka terapije antibioticima kako biste bili sigurni da je amoksicilin potpuno eliminiran iz tijela, dajući kontracepciji priliku da ponovno počne djelovati.
Druge interakcije amoksicilina mogu uključivati temeljna medicinska stanja. Ovaj lijek može povećati gastrointestinalnu iritaciju kod pacijenata s kolitisom, upalom crijeva. Tijekom uzimanja antibiotika mogu osjetiti proljev, grčeve u trbuhu i nelagodu. Osim toga, bolesnici s bubrežnom disfunkcijom, osobito ako im je potrebna dijaliza za podršku zatajenim bubrezima, mogu doživjeti interakcije amoksicilina. Ovi pacijenti ne mogu ukloniti lijek putem normalnog metabolizma i mogu biti izloženi riziku od teških nuspojava bez prilagodbe doze kako bi se smanjilo opterećenje bubrega.