Primjena azatioprina za ulcerozni kolitis može biti koristan i učinkovit tretman u određenim slučajevima. Azatioprin je učinkovit u liječenju ulceroznog kolitisa jer lijek djeluje tako što potiskuje preaktivan imunološki sustav koji uzrokuje ovu bolest. Glavni slučaj u kojem je primjena azatioprina za ulcerozni kolitis učinkovita je dopustiti liječnicima da smanje dozu lijekova, zvanih kortikosteroidi, koji se obično daju za ovu bolest. Iako kortikosteroidi mogu spriječiti pojavu simptoma, njihova dugotrajna primjena u visokim dozama može imati štetne nuspojave.
Korištenje azatioprina za ulcerozni kolitis pokazalo se učinkovitom za niz različitih pacijenata koji pate od ove bolesti. Djelotvoran je jer mijenja imunološki sustav tijela. Točnije, inhibira proces stvaranja deoksiribonukleinske kiseline (DNA) u tijelu, te selektivno inhibira aktivnost određenih bijelih krvnih stanica koje imaju ulogu u imunološkom sustavu tijela. Budući da je ulcerozni kolitis autoimuna bolest, djelomično uzrokovana preaktivnim imunološkim sustavom koji napada prirodne dijelove ljudskog tijela, supresija imunološkog odgovora tijela dovodi do kliničke regresije bolesti.
Ne smiju se svi bolesnici s ulceroznim kolitisom liječiti azatioprinom. Ovaj lijek ima najveću korist kada se daje za održavanje remisije bolesti. Bolesnici s ulceroznim kolitisom imaju tendenciju izbijanja aktivnosti bolesti i doživljavaju akutno pogoršanje simptoma, uključujući krvavi proljev, bol u trbuhu i groznicu tijekom ovih napada bolesti. Sama pojava često se liječi lijekovima koji se nazivaju kortikosteroidi kako bi se smirila aktivnost bolesti i omogućila remisija. Doze kortikosteroida se smanjuju kako se toleriraju kada simptomi počnu nestajati.
Ako se pacijenti ne mogu u potpunosti odviknuti od kortikosteroida nakon akutnog napada, jedna je mogućnost korištenje azatioprina za ulcerozni kolitis. Dodavanje ovog lijeka često omogućuje liječnicima da smanje doze kortikosteroida, što je korisno jer dugotrajna uporaba kortikosteroida može imati značajne nuspojave. U nekim slučajevima, dodavanje azatioprina omogućuje pacijentima da se potpuno prestanu s liječenjem kortikosteroidima. Međutim, neki stručnjaci smatraju kontroverznom primjenu samog azatioprina i preporučuju nastavak upotrebe i kortikosteroida i azatioprina kako bi se spriječilo daljnje izbijanje bolesti.
Jedno upozorenje za korištenje azatioprina za ulcerozni kolitis je da prije početka primjene ovog lijeka kod pacijenata koji pate od ove upalne bolesti crijeva, treba napraviti niz različitih krvnih pretraga. Prije početka terapije potrebno je procijeniti aktivnost tiopurin metiltransferaze (TPMT) ili genetski slijed koji kodira TPMT. Bolesnici s niskom aktivnošću TMPT-a ne smiju se liječiti azatioprinom jer bi mogli doživjeti više toksičnih učinaka od primjene ovog lijeka.