Brojni tretmani za različita medicinska stanja mogu uključivati koštanu srž. Liječenje koštane srži obično uključuje transplantaciju koštane srži, u kojoj se zdrave matične stanice iz koštane srži presađuju pacijentu kojem nedostaje zdrava koštana srž ili koji ne proizvodi pravu vrstu stanica u svojoj koštanoj srži. Liječenje koštane srži obično se odvija u bolnici, a može uključivati i boravak u bolnici, ovisno o vrsti zahvata koji se radi.
Kod aspiracije i biopsije koštane srži uzima se uzorak nečije koštane srži, obično iz zdjelice. Jedan od razloga za to je u dijagnostičke svrhe, tako da se koštana srž može ispitati u laboratorijskim uvjetima. Također se može učiniti u svrhu prikupljanja koštane srži za transplantaciju ili za tipizaciju koštane srži kako bi se utvrdilo može li se koristiti u transplantaciji ili ne.
Druga vrsta liječenja koštane srži uključuje izlaganje koštane srži kemoterapiji, zračenju ili oboje. Ovo se često koristi za pripremu pacijenta za transplantaciju ubijanjem nje ili njegove koštane srži. Pacijenti su iznimno ranjivi tijekom ove faze liječenja i obično se drže u izolaciji kako se ne bi razboljeli. Kemoterapija i zračenje također se mogu koristiti u pokušaju da se pobijedi rak koštane srži, s nadom da će se očuvati pacijentova koštana srž ubijanjem stanica raka.
Kada je u pitanju transplantacija koštane srži, postoji niz mogućnosti. Jedna uključuje transplantaciju matičnih stanica iz pupkovine pacijenta ili iz uzorka pacijentove koštane srži uzete prije nego što je pacijent podvrgnut kemoterapiji i zračenju, poznat kao autologna donacija. Pacijent također može dobiti alogenu donaciju koštane srži od nekoga drugog, kao što je član obitelji ili stranac s pravom vrstom koštane srži. Konačno, za pacijente koji imaju dovoljno sreće da imaju blizance, može se izvesti singenična transplantacija koštane srži s donorskom srži od pacijentovog blizanca.
Cilj svakog liječenja koštane srži je rješavanje neke vrste problema s pacijentovom koštanom srži. Taj problem može biti rak, genetsko stanje koje narušava funkciju koštane srži ili neki drugi medicinski problem. Budući da koštana srž proizvodi krvne stanice, ona je iznimno važan dio tijela, a liječenje koštane srži potrebno je provoditi s oprezom kako se pacijent ne bi izlagao nepotrebnim rizicima.