Čakre su točke ui na ljudskom tijelu koje se tradicionalno povezuju s različitim aspektima životne energije i sila. Smatra se da je svaka od sedam čakri povezana s određenom bojom i zauzvrat određenim vrstama dragog kamenja čakri koje su određene bojom žarišne točke. Smatra se da primjena dragog kamenja na odgovarajuće dijelove tijela pomaže u usklađivanju čakri pojedinca s vanjskim svijetom; budući da se ovi odabiri dragog kamenja uglavnom temelje na boji, široka se raznolikost prihvaća kao točna.
Korijenska čakra povezana je s kralježnicom i područjem oko donjeg dijela leđa, a predstavljena je crvenom bojom. Stoga je svo drago kamenje čakri povezano s ovom žarišnom točkom crveno. Neki od najčešće viđenih su rubin, crveni jaspis i granat, iako se može koristiti i ružičasto kamenje kao što su rodokrozit i ružin kvarc. Iznad ove je čakra povezana s narančom te s reproduktivnim organima i iznutricama. Karneol, vatreni opal, jantar i kvarc mandarine povezani su s ovom sakralnom čakrom.
Na solarnom pleksusu nalazi se treća čakra, manipura. Drago kamenje žute čakre poput topaza, citrina i jantara koristi se za liječenje nevolja usredotočenih na ovu čakru. Smještena odmah iznad ovoga na tijelu, srčana čakra, ili anahata, možda je iznenađujuće povezana sa zelenom. Postoji niz zelenih kamenova koji se koriste u sprezi sa srčanom čakrom, uključujući smaragd, malahit, žad, zeleni kvarc i krizoprazu. Grlena čakra je plava, a kamenje poput lapis lazulija i safira obično se koristi u kombinaciji s tim.
Čakra trećeg oka, smještena na čelu, je indigo i obično se povezuje sa safirima, azuritom i ametistom. Smatra se da je završna čakra, krunska, usko povezana s ljubičastom bojom. Kamenje je slično onome koje se koristi s čakrom trećeg oka, iako je nijansa dragog kamenja čakre važna. Tamnije ljubičasto kamenje poput opsidijana odraz je tuge, dok blijedo ljubičasto kamenje poput ametista može predstavljati ljubav pojedinca prema svojim bližnjima.
Različito drago kamenje čakre koristi se u različite svrhe. Indigo kamenje povezano s čakrom trećeg oka može se koristiti za povećanje dubine meditacije, dok se smatra da korištenje žutog kamenja na solarnom pleksusu pomaže pojedincu da organizira misli i fokusira um. Kako je boja kamena najvažnija, izbor kamena se može prilagoditi potrebama i ukusima pojedinca.