Neke žene uzimaju ondansetron u trudnoći za kontrolu jutarnje mučnine. Klasificiran od strane US Food and Drug Administration (FDA) kao lijek za trudnoću B kategorije, općenito se smatra sigurnim za ublažavanje mučnine u trudnoći. Međutim, treba ga uzimati samo kada je potrebno, na primjer kada žena ne može zadržati hranu zbog jake mučnine. U takvim slučajevima, svaki mogući negativni učinci ondansetrona obično se smatraju boljim od štete koja može nastati fetusu ako ne dobije odgovarajuće hranjive tvari od majke. Iz tog razloga, trudnice se potiču da razgovaraju o prednostima i nedostacima sa svojim liječnikom prije uzimanja ovog lijeka.
Ondansetron je klasificiran kao lijek B kategorije za trudnoću jer od 2011. godine nije dovršeno nijedno kontrolirano ispitivanje na trudnicama. Istraživači su, međutim, proveli studije na životinjama kako bi otkrili učinke ondansetrona u trudnoći. Prema rezultatima, ovaj lijek nije prouzročio štetne učinke na životinjske fetuse. S obzirom na to, životinje ne reagiraju uvijek na lijekove kao ljudi, zbog čega je teško sa sigurnošću reći da ondansetron u trudnoći neće štetiti fetusu. Imajući to na umu, liječnici neće ponuditi ovaj lijek osim ako nisu sigurni da je njihovim trudnicama potreban iz zdravstvenih razloga.
Glavni razlog zašto mnogi liječnici još uvijek propisuju ondansetron unatoč nedostatku studija koje su uključivale ljude jest taj što je mala vjerojatnost negativnih učinaka često bolja od alternative. Na primjer, neke žene pate od hiperemeze gravidarum tijekom trudnoće, što znači da mogu povratiti gotovo sve što pojedu. Žene koje su pogođene ovim stanjem također obično ne mogu smanjiti količinu tekućine, što predstavlja rizik od dehidracije. To, u kombinaciji s nedostatkom hranjivih tvari uzrokovanim povraćanjem većine hrane, može ozbiljno naštetiti i majci i fetusu. Poznato je da su dehidracija i pothranjenost štetni, dok ondansetron u trudnoći nema poznatih štetnih učinaka, pa se uzimanje potonjeg obično smatra najboljom opcijom.
Većini žena koje uzimaju ondansetron u trudnoći potreban je samo u prvom tromjesečju, kada je najvjerojatnije da će patiti od jutarnje mučnine. Nekim ženama je, međutim, potreban tijekom cijele trudnoće. U takvim slučajevima, njihov će liječnik vjerojatno ponovno procijeniti situaciju na svakom prenatalnom pregledu kako bi utvrdio jesu li koristi ondansetrona u trudnoći još uvijek veće od mogućih rizika. Većina žena prestaje imati potrebu za ovim lijekom nakon završetka trudnoće, što je vjerojatno dobro za majke koje doje, jer nije poznato prolazi li lijek kroz majčino mlijeko.