Antivirusna rezistencija nastaje kada virus više ne može biti uništen lijekom koji se protiv njega koristi. Ova otpornost je prirodni mehanizam preživljavanja virusa, prisilna evolucija uzrokovana spontanom mutacijom koja se potom prenosi na kasnije generacije. Antivirusna rezistencija je trajni problem u medicini, a liječnici moraju biti i razboriti i kreativni kada idu u korak s sojevima koji se razvijaju.
Otpornost na antivirusne lijekove u početku se javlja spontanom mutacijom koja omogućuje brojnim virusima da prežive učinke lijekova. Ta se mutacija potom prenosi na sljedeće generacije. Postoji nekoliko načina na koje mutacija čini virus imunim. Mutacija može rezultirati time da virus stvara oblik inhibitora koji modificira ili inaktivira sam lijek. Virus može promijeniti konfiguraciju mjesta na kojem bi se lijek obično vezao za njega radi uništenja, čineći lijek nesposobnim da se veže i napadne ga.
Metabolički put virusa može se promijeniti, što mu omogućuje da pronađe alternativne načine zaraze domaćina tako da posebno dizajnirani lijek postane neučinkovit. Konačno, virus može smanjiti propusnost, smanjujući sposobnost lijeka da se akumulira u dovoljno velikim količinama da ga prevlada. Kako se ove karakteristike prenose kroz generacije virusa, rezultat je soj otporan na lijekove. Sojevi virusa mogu postati otporni na jedan ili više lijekova, što rezultira superbakterijama.
Antivirusna rezistencija je značajan problem jer liječnicima znatno otežava učinkovitu borbu protiv virusa. Virusi koji su se nekada mogli liječiti odjednom postaju neizlječivi, a medicinska zajednica ima tešku borbu da pokuša ići ukorak. U uvjetima kao što su HIV, tuberkuloza i influenca, moraju se neprestano istraživati i stvarati novi pojedinačni i kombinirani lijekovi kako bi se bolest držala pod kontrolom. Čak su i virusi poput stafilokoka, koji su se lako liječili, razvili otporne sojeve. Postoje značajne implikacije i za imunosupresivne pacijente i za potencijalne pandemije s antivirusnom rezistencijom.
Otporni sojevi virusa velikim su dijelom uzrokovani prevelikim propisivanjem antibiotika i antimikrobnih sredstava za bolesti s kojima se pacijent može boriti prirodnim putem. Ovi lijekovi se također često uzimaju neodgovorno, pri čemu pacijenti prestaju s uzimanjem lijekova prije nego što prođu cijeli propisani tečaj. To rezultira time da neki virusi prežive i postanu otporni. Okrivljuje se i prekomjerna upotreba domaćih proizvoda za čišćenje jer uobičajeni virusi postaju stalno izloženi proizvodima, ali ne ubijaju se uvijek, što omogućuje sojevima da izgrade otpornost.
Protivvirusna rezistencija se bori razboritim i štedljivim propisivanjem lijekova od strane liječnika i snažnom preporukom da pacijenti uzimaju cijeli tečaj svih lijekova koji su im propisani. Istodobno se koristi više lijekova u liječenju infekcija kao što je HIV, s nadom da virus neće postati otporan na sve, iako se to događa. Konačno, fagoterapija se koristi gdje se bakteriofagi puštaju u pacijenta kako bi konzumirali i uništili virus.