Neke razlike između metadona i morfija su njihov poluživot, cijena i upotreba. Metadon i morfij uvelike se razlikuju samo po tome koliko dugo traju, budući da metadon traje najmanje deset puta dulje od morfija. Zdravstveni djelatnici ponekad preferiraju metadon zbog njegove relativno niske cijene. Metadon se također preferira u situacijama kada sadašnjim ili bivšim ovisnicima o drogama trebaju lijekove protiv bolova, jer pacijenti ne postaju tako brzo ovisni o njemu.
Metadon traje mnogo dulje od morfija u tijelu. Poluživot morfija je dva do tri sata, dok je poluživot metadona 24 sata ili duže. Kako tijelo obrađuje te lijekove, oni također izlaze na različite načine. Metadon izlazi kroz pacijentov urin, dok morfij prvo prolazi kroz bubrege i žučne kanale.
Druga razlika između metadona i morfija je ta što je metadon općenito mnogo jeftiniji. Morfin je skup za proizvodnju i mora se koristiti u većim količinama od metadona. Neki liječnici iz tog razloga preferiraju metadon, osobito kada se radi o financijski nestabilnim pacijentima. Međutim, lijek je naišao na kritike jer se povremeno propisivao za manju bol. Metadon se ne smije koristiti za manju bol, niti ga se smije koristiti povremeno, budući da je predoziranje relativno lako.
Metadon i morfij se koriste u različitim situacijama. Općenito, metadon se koristi u situacijama kada morfij ili nije djelovao ili je pacijent u prošlosti zlorabio narkotike. Ako se morfij daje pacijentima koji su jednom zloupotrijebili narkotike, pacijent može osjetiti sličan porast i recidiv. Iako metadon može uzrokovati simptome ustezanja ako se uzima dulje vrijeme, smatra se sigurnijim od morfija.
Morfin je droga koja izaziva ovisnost, zbog čega je na većini mjesta kontrolirana tvar. S druge strane, dok metadon može obavljati neke od istih funkcija, ne smatra se da izaziva ovisnost. Oba lijeka često su pod strogom kontrolom, uz redovite preglede ambulantnih pacijenata kako bi se uvjerili da se lijekovi pravilno koriste.
S druge strane, metadon i morfij imaju dosta zajedničkog. Obje se koriste za ublažavanje umjerene do jake boli, osim što su obje dostupne u obliku tekućine i kapsula. Oba lijeka protiv bolova također mogu imati po život opasne nuspojave, poput usporenog disanja ili teške vrtoglavice. Ako se uoče ozbiljne nuspojave, osoba bi trebala potražiti liječničku pomoć što je prije moguće. Niti jedan lijek se ne smije uzimati s alkoholom, što može povećati izglede za pojavu nuspojava poput vrtoglavice.