Empirijska terapija je pružanje liječenja u nedostatku dijagnoze. Ovo se može savjetovati kada je važno brzo uvesti pacijenta u liječenje kako bi se spriječile komplikacije ili kada su vrijeme i troškovi povezani s liječenjem nepraktični. U klasičnom primjeru, ako se pacijent javi liječniku sa simptomima infekcije mokraćnog sustava poput učestalog, bolnog mokrenja, liječnik često odmah propisuje antibiotike. Liječenje se provodi iako pacijentova infekcija nije definitivno dijagnosticirana.
Antibiotici su čest izbor za empirijsku terapiju, iz više razloga. Jedna zabrinutost kod pacijenata koji su teško bolesni je da bi im se moglo brzo pogoršati ako liječnici čekaju na liječenje dok testiranje ne potvrdi dijagnozu i utvrdi koji je antibiotik prikladan. Netko s velikim rizikom od komplikacija možda će trebati antibiotike odmah, bez čekanja. Liječnik može zatražiti testiranje radi provjere i može prilagoditi liječenje ako je potrebno, ovisno o rezultatima testa.
Drugi problem je što detaljna dijagnoza može biti skupa, a nije uvijek potrebna. Infekcija mokraćnog sustava pacijenta, na primjer, može vrlo dobro reagirati na antibiotike širokog spektra koji su dizajnirani da ciljaju niz organizama. Pacijentu nije potrebno skupo prikupljanje urina i kultura kako bi se potvrdila prisutnost infekcije i odredio koji lijek koristiti. Ako pacijent ne reagira na empirijsku terapiju, tada liječnik može prijeći na dijagnostičko testiranje, budući da je neuspjeh odgovora jasan pokazatelj da se nešto drugo događa ili da je pacijent zaražen otpornim organizmom.
Liječnici određuju može li pacijent imati koristi od empirijske terapije na temelju prijavljenih simptoma i iskustva. Osim preventivnog liječenja pacijenata zbog uobičajenih stanja koja možda ne zahtijevaju testiranje, liječnici mogu uzeti u obzir i individualnu povijest bolesnika. Netko s ponovljenom poviješću infekcija mokraćnog sustava možda neće trebati svaki put detaljno testiranje jer je to poznat problem. Ovaj pacijent može čak dobiti stalni recept za antibiotike koji će početi uzimati odmah na prvi znak simptoma.
U nekim ustanovama postoje medicinski protokoli za utvrđivanje je li empirijska terapija prikladna. Jedna je zabrinutost da pacijenti mogu primati nepotrebne lijekove koji bi mogli pridonijeti problemima poput razvoja rezistencije na antibiotike. Žurba da se pretpostavi da je problem rezultat uobičajenog problema koji ne zahtijeva dijagnostičko testiranje također može značiti da je dijagnoza propuštena. Učestalo bolno mokrenje, na primjer, može biti spolno prenosiva infekcija ili znak raka mokraćnog sustava.