Za medicinskog laika, moglo bi se činiti sasvim logično pretpostaviti da je najbolji tretman za krvni ugrušak u veni ili arteriji njegovo uklanjanje kirurški. To se zove trombektomija i zapravo nije najbolji tretman za većinu pacijenata. Umjesto toga, trombektomija se rjeđe koristi kada je potrebno trenutno uklanjanje ugruška. Općenito, lijekovi za razgradnju ugruška i razrjeđivanje krvi, a ponekad i postavljanje filtera kako bi se spriječilo da ugrušak u cijelom obliku prijeđe u drugi dio tijela, smatraju se liječenjem prve linije. To ne znači da kirurško uklanjanje ugruška nikada nije indicirano, ali to nije tretman koji većina liječnika preferira jer nosi veći rizik.
Kod trombektomije ugrušak se obično pristupa putem katetera, a uklanjanje može biti praćeno postavljanjem stenta ili filtera. Za sprječavanje daljnjeg zgrušavanja na tom području mogu se koristiti lijekovi. Međutim, stvarno uklanjanje ugruška također može ukloniti dio sluznice krvne žile, a to stvara budući rizik. Taj rizik u konačnici je da će se stvoriti više ugrušaka, što predstavlja značajne probleme za osobu koja je podvrgnuta operaciji. Neke poboljšane kirurške tehnike u ovom području sada se reklamiraju kao izvrsno rješenje, uključujući korištenje uređaja koji izvode vakuumsku ekstrakciju krvnog ugruška nakon što ga razbiju lijekovima; te pokazuju bolje rezultate od starijih metoda trombektomije.
Neki ljudi mogu zahtijevati ovaj postupak zbog drugih problema. Oni koji ne mogu dugoročno uzimati lijekove za razrjeđivanje krvi možda će trebati kirurško uklanjanje ugruška. U hitnim situacijama kada ljudi imaju duboku vensku trombozu koja ugrožava zdravlje uda ili ugrušak u plućnim arterijama, može se dati prednost kirurškom uklanjanju, jer može ukloniti značajan rizik za zdravlje. Ipak, nije najbolji izbor za sve ljude, ali to se može promijeniti, a kirurška poboljšanja bi ga mogla učiniti boljom opcijom u budućnosti.
Stvarni postupak je obično prilično jednostavan i ne traje dugo za izvođenje. Vaskularni kirurzi obično izvode ovu operaciju i pod uvjetom da sve prođe dobro, mnogi ljudi ulaze i izlaze iz operacijske dvorane za nekoliko sati. Trebat će im značajno praćenje, a neki su toliko bolesni da će im trebati nekoliko dana oporavka u bolnici prije odlaska kući.
Kao što je navedeno, veliki rizik je razvoj dodatnih ugrušaka. Ostali potencijalni rizici nakon operacije uključuju moždani udar, krvni ugrušak koji pomiče pluća ili postoperativno krvarenje. Rizik se smanjuje korištenjem stentova, antikoagulacijskim tretmanom ili postavljanjem filtera, a ukupna početna stopa uspješnosti ovih operacija je 70% ili više. Komplikacije su vjerojatnije kada se trombektomija izvodi za pacijenta starijeg od 65 godina, s bilo kojom vrstom poremećaja krvarenja, ili koji ima uznapredovalu bolest srca ili bubrega ili srodna stanja poput visokog krvnog tlaka. Kada su ovi rizici prisutni, liječnici moraju odvagnuti korist od neposredne operacije u usporedbi s vjerojatnošću komplikacija.